6月4日凌晨6时，赤城号航母。第二批突击飞机立即从各航空母舰的下层甲板，一架一架地由升降机提升到上层的飞行甲板上。这批飞机主要是“97”式舰载鱼雷攻击机。鱼雷机的飞行员是日本海军航空兵的精华。尽管根据情报，在附近根本不可能有美国的航空母舰；而且根据山本大将的估计，美国航空母舰最早也要到6月7日，才能赶到中途岛海域。不过南云中将为了防备万一，还是把他最优秀的飞行员留在舰上，以便对付美国舰队的进攻。
现在作战室里一片忙碌，一大群的参谋人员正在奔忙。突然，一个军官向舰队司令南云将军跑去，他来到南云面前，立正，举手敬礼。
“哦，发生什么事情了吗？”南云一边还礼一边问。
“我们刚刚发现在舰队附近有电台在发报。怀疑是敌军侦察机或者潜艇。”
“这样呀……”南云的眉毛皱了起来。舰队的位置看来已经暴露了。敌人肯定会对舰队发起攻击的。敌人的攻击可能来自中途岛机场，也可能来自航母编队。现在的问题是，敌人的舰队是不是真的不在附近。无论如何谨慎一点是没错的。显然，敌人舰队对他的舰队威胁更大。那才是他的第一目标。于是他转过头去对他的参谋长草鹿说：
“草鹿君，我们的鱼雷机都挂好了鱼雷了吧？我们的侦察机有什么消息没有？”
“鱼雷机已经准备好了，只要发现敌人舰队，就可以发起攻击。侦察机都还没有什么发现，将军。另外，利根号的弹射器出了问题，虽然修好了，但侦察机出发比其他侦察机都晚了半个小时。”
“那么现在我们只能等待了。”
时间一分一秒的流逝，太阳已经生得很高了，金色的阳光驱散了海上那乳白色的雾气，并给在甲板上停得整整齐齐的“97”式舰载鱼雷攻击机镀上了一层金光。
“将军，友永大尉来电。”
“念吧。”
“对中途岛轰炸完成，然攻击时，敌机业已全部遁去，因而攻击未能摧毁中途岛之敌机，对机场破坏也较有限，估计敌方机场仍能起降飞机。如欲摧毁敌之空中力量，则必须对敌人机场应再次予以打击。……”
“草鹿君，您看我们是不是马上发动第二次打击？”
“将军，我们还是再等等侦察机的消息，我估计再过几十分钟，侦察机就有消息了。”
“好吧。”
对自己的参谋长草鹿少将，南云一直是言听计从的，以至于有人认为，草鹿才是这只舰队真正的指挥者。
……
7点10分，舞风号驱逐舰打出了旗语：“发现敌机。”信号旗在日舰桅杆上升起，警报声响彻海空。
出现在赤城号右舷的是由中途岛起飞的6架“复仇者”鱼雷攻击机和4架Ｂ-26轰炸机。他们没有任何战斗机保护。战斗机都被投入到拦截作战中去了。
负责守护航母的零战向着这些毫无掩护的轰炸机扑去。舰上的高射炮也不断开火。
驾驶着这些飞机的都是些年轻的菜鸟，他们很多人还没有完成全部的训练课程。以至于他们只能在领队长机的带领下，列成单行，冒着炮火不做任何回避动作笔直的向赤城号扑过去，因为一旦闪避，他们甚至可能无法再为自己找出一条有效地攻击线路。
还没能靠近航母，已经有3架鱼雷机被零战击中，一头栽入海中，这些飞机狠狠地撞在海面上，撞得粉身碎骨。有一架飞机是斜过来机翼首先触及海面的，巨大的撞击使得机翼立刻就断成两截，接着飞机重重的砸到水面上，溅起巨大的浪花。
其余的7架飞机继续逼近，并依次投下了鱼雷。
这些鱼雷拉着长长的白色轨迹向前飞驰，无数的眼睛盯着这些鱼雷。有经验的海员们却都松了口气，他们都判断的出——这些鱼雷没有一枚能够命中。
事实也是这样，所有的鱼雷都从航母的旁边掠过，无一命中。倒是投完鱼雷后拉起的鱼雷机遭到高射炮的射击，又受到零战的攻击，一架接着一架被击落。
赤城号航母上一片欢呼，不仅赤城号，整个舰队都在欢呼。
山口多闻这时也在飞龙号航母的舰桥里观战，他身边的参谋们在目睹美国鱼雷机被一架架的击落时也都在欢呼雀跃。
山口对站在他身边观战的飞龙号的舰长加来止男说：“加来君，你怎么评价这些美国飞行员？”
“将军，他们的技术水平都很低下，明显缺乏训练，根本不是帝国飞行员的对手，但是……”加来止男迟疑了一下，山口淡淡看了他一眼说：
“但是他们都很勇敢，是吗？”
“是的长官，他们都是令人尊敬的武士。想不到美国人也能这样勇敢，简直不亚于帝国的武士了。”
山口点点头，不无忧虑得说：“山本长官有一次提及他和陆军的一个家伙的交谈——当然，陆军的家伙都是些没脑袋的笨蛋……当山本长官说到美国的工业远超过我国时，那家伙说‘我们有大和精神！’真该让那些傻瓜们来这里看看，人家也有美利坚精神！一旦这种精神和庞大的物质力量结合起来，战争的前景还真是……”
“将军……”加来止男惊疑的望着山口。
“所以这一战一定要获胜，而且必须大胜，完胜。只有这样，帝国才可能有美好的明天。也许，我们又到了该升起Z字旗的时候。”山口拍了拍加来止男的肩膀，笑了笑，说，“加来君，我们都要努力呀。”
“是的，将军！”
此时的赤城号航母上，南云正在和他的参谋长草鹿商议。
“草鹿君，这些飞机应该是中途岛的。中途岛的机场实在是巨大的威胁啊。”
“是的将军，友永君也提及机场没有受到毁灭性的打击，如果不能摧毁它，这样的打击还会接踵而至。虽然我们刚刚毫发未伤，但只要稍有疏忽就可能蒙受损失。”草鹿沉思着说，“将军，我觉得，我们现在必须彻底的摧毁中途岛的空中力量。我建议，把已经停放在“赤城”和“加贺”号航空母舰飞行甲板上的飞机，重新用升降机运回下层甲板，以便将挂在机身下的鱼雷卸下，再往飞机上配挂炸弹。然后出击，摧毁中途岛机场！”
南云略作思考之后再次听从了草鹿的建议。
“通知赤城和加贺，把鱼雷机送回下层甲板，卸下鱼雷，换成高爆炸弹。”
随着命令的下达，透过舰桥的窗口，可以看到甲板上立刻忙做一团，一架架飞机被小心的移动到升降机上然后沉降到下层甲板上去。在飞机周围穿着各种颜色的马甲的维护人员跑来跑去，各种各样的旗帜、信号灯舞动不停。
7点30分时飞机基本上都已经收回到下层甲板了，鱼雷换炸弹的工作也正在进行得热火朝天。这时候，一个参谋拿着一份文件急匆匆的向南云和草鹿跑去。
“将军，侦察机发现美军舰队！”
“什么！”草鹿惊愕的转过头来，一把把文件直接从那个参谋手中抢了过去。
这种失态不是因为缺乏教养，而是，它的后果实在是太过可怕。如果出现的是美军航母编队，那就意味着敌军的打击马上就会落到他们的头上。整个舰队就会陷入覆灭的危险之中。
报告非常简洁：“东南方向发现十艘美国军舰。”
“这架该死的侦察机，那个该死的联络员就不能说明白些吗？十艘什么军舰？这里面有没有航母！”草鹿恼怒的想着。
“快，马上通知作图室计算距离！——将军，这上面没有说明敌军的舰种，关键是不知道是否有航空母舰。”
“草鹿君，注意镇定！”南云对草鹿的有点失态的表现有些不满，“让我看看，啊，十艘军舰，这样的规模，应该不会没有航母吧？——给侦察机发报，要求确认敌人的舰种。命令巡逻的战斗机部队加强警戒。”
作图室很快报出了敌军舰队的距离：320公里。
“将军，也许情况没那么坏，”看到这个正在对方轰炸机打击范围之内的数字，草鹿倒是冷静下来，“我们的位置，早已暴露，如果敌人有航母，那敌人的舰载的轰炸机早该对我们发起攻击了。”这个猜测也让舰桥里的人都松了口气。
十五分钟过去了，侦察机还是没有发回信息。一种不安的感觉又渐渐在大家心中浮起：侦察机怎么了？被美国的舰载战斗机击落了吗？
“命令，下层甲板，暂停更换炸弹。”南云打破了这令人不安的沉默，下达了命令。
就在这时，警报声再次响起。舰队再次遭遇空袭。
这次来袭的是16架“无畏”式俯冲轰炸机，没有战斗机护航。这些飞机根本就没能突破战斗机的防御圈，就被零战驱散了。他们要么慌乱的投下炸弹逃命，要么就被战斗机无情的击落。
“草鹿君，你觉得这些飞机是哪里来的？”南云问道。
“将军，应该还是中途岛，不然不可能没有战斗机护航。”
似乎是为了印证这一点，又一批15架轰炸机出现了。这一次来的是最典型的路基轰炸机——B-17空中堡垒。这是一种有四个发动机的重型轰炸机。它们自卫火力强，高空性能好，载弹量和航程也不错，是一种很好的战略轰炸机。不过这种轰炸机并不适合用来打击海面上的活动目标。它们在6000米高度上投下的炸弹无一命中。然后又是11架俯冲轰炸机，当然，他们的命运和前面那批也没啥不同。
几次攻击虽然都没有得手，但中途岛机场的威胁也已经展露无遗。
“将军，侦察机回电！敌人没有航母！”
“慌慌张张的，像什么样子！拿过来我看看。”
南云打开文件，草鹿也凑过去一起看。电报上明确说“10艘美国军舰乃是5艘巡洋舰和5艘驱逐舰。”
所有人都松了一口气，没有航母的舰队几乎就毫无威胁。几条巡洋舰和驱逐舰算什么，就算有战列舰，等收拾了中途岛，轰炸机和鱼雷机部队也有信心只要一次突击，就可以把它们全送到海底下去。就像干掉那两条英国战舰一样。于是，南云下令继续准备攻击中途岛的陆地目标。甲板上再次陷入一片混乱：飞机继续卸下鱼雷，换挂普通炸弹。虽然忙乱，但和刚才比，大家心里都觉得很是轻松。现在，轰炸机已经重新挂好了炸弹，并被再次送到了飞行甲板上。航母开始转向逆风，再过几分钟，第二波轰炸机就将起飞，再次轰炸中途岛。
然而就在此时，侦察机又一次发回了电报：“发现敌舰队，后方似乎随有航空母舰。”
“天照大神在上，这些家伙怎么回事！到底有没有航母！什么叫做似乎！”怒火在南云心中燃烧，他都恨不得把那些该死的家伙从侦察机里面揪出来，换成自己，“这些家伙就不能看清楚点吗？”
深深地吸了口气，平静了一下情绪，南云转向草鹿。
“草鹿君，你怎么看这个情报？”
……
草鹿沉思了一会儿，“将军，这个情报应该是可靠的。一只如此规模的舰队不该没有航母。将军，我们必须优先攻击敌军航母。”
“但现在轰炸机带的都是对地攻击的高爆弹，用这些炸弹攻击军舰的效果很有限的。”旁边一个军官开口说。
开口的是源田实中佐，他是联合舰队最好的轰炸机指挥官之一，今天他本来应该直接指挥对中途岛的第一波攻击机群，但是他却因为得了重感冒，不得不留了下来。对于如何打击海上目标，参加过珍珠港一战的源田绝对是权威。
“那么，就让地勤马上把炸弹换成鱼雷。”草鹿说。
南云想了想，下令：“按参谋长的意见执行。”
“不要把飞机再送下去了，直接在甲板上换，要快！”草鹿补充说。
甲板上一片忙碌，鱼雷机上的炸弹被卸了下来，换成鱼雷，俯冲轰炸机上的高爆炸弹也换成了半穿甲炸弹。为了抢时间，卸下来的高爆炸弹都没来得及送回弹药库，而是直接在航母的甲板上堆得这里一堆，那里一堆。这成了后来决定这几条航母命运的关键。
现在是上午8点30分，这时舰队上空又传来了飞机引擎的轰鸣。不过这次出现的不再是美国轰炸机，而是日本人自己的机群。袭击中途岛返回的友永机群，已飞抵日本舰队的上空。
现在最麻烦的情况发生了：飞往中途岛的第一批突击飞机，已经返航，他们的燃料几乎已经耗尽，必须立即让他们在母舰上降落；第二批突击飞机还没准备好，他们还占据着飞行甲板。而那些保护航空母舰的“零”式战斗机，燃料快要用完了，也要降落加油。
“天呀，这些乱七八糟的是怎么都凑到一块了！”南云的心中渐渐浮起了一种不吉的预感。
现在在南云面前有这样几条选择：
首先，他可以把飞行甲板上的攻击机立刻派出去攻击敌舰，从而把跑道空出来。但是，这些飞机还没有完成鱼雷的换装，只能用装在弹架上的杀伤力较低的炸弹去空袭，加上没有战斗机护航。而用没有战斗机护航的轰炸机去攻击防卫森严的航空母舰，刚才那些损失惨重却一无所获的美国飞机就是榜样。现在如果把他们派出去，只怕一样会肉包子打狗，一去无回。而且起飞需要的时间也不短，恐怕有些飞机等不到甲板空出来就会耗尽最后的燃油。也许会有几十架飞机在自己人面前因为燃油耗尽而坠毁。日本海军就将白白损失几十名最优秀的飞行员。这个损失对于飞行员储备本来就不足的日本而言是难以接受的。
其次，他可以下令马上把飞行甲板上的攻击机再送到下层甲板上去，把飞行甲板空出来。等这些飞机着舰后，再把它们送进机库，把已经完全准备好的那些轰炸机再次提升到飞行甲板上，然后向敌军发起最致命的打击。只是，敌人会给他这么多的时间吗？
这是一个艰难的选择，无论选哪个，都要承担起巨大的责任。南云感到他很难下定决心，事实上，他并不是一个有着钢铁一般的承受力的人。于是他习惯性的向参谋长草鹿少将咨询。
草鹿同样也觉得头疼，他沉吟了片刻，看到轰炸机指挥官源田就在旁边，于是就问他：“源田君，你觉得我们该怎么办？”
源田望着在航母上空盘旋的机群，那里有很多人是他的生死与共的兄弟。于是源田说：“我看，我们的飞机得首先降落加油。”
于是，一个影响到整个战役，乃至整个战争走向的本该由舰队最高指挥官做出的决断就这样由一个中佐敲定了。
于是停在“赤城”和“加贺”两艘航空母舰甲板上的飞机再次被紧急入库，好给急待补充油料的“零”式战斗机和从中途岛归来的精疲力尽的袭击者腾出地方。甲板上又一次忙碌的就像建筑工地。这批可怜的飞机一次次被提出来，有一次次被送回去，从而创造了海战史上一个再也没有人能企及的记录——在3个小时的时间里，把一队飞机在机库和飞行甲板之间移动5次之多，却最终没能把他们派出去。随着甲板被清空，盘旋待降的友永机群开始陆续降落。这一大批飞机，一架接一架着舰，总共花了40分钟的时间。当最后一架飞机的轮子触到甲板时，已经是上午9：18分了。最宝贵的时间，就这样白白的流失了。
9点25分，原本送回到机库的攻击机群又一次，也是最后一次被提升到飞行甲板上。航母开始逆风航行。准备发动被延宕已久的攻击。就在这时，从对空观察哨那里出来呼喊：“发现敌方鱼雷机！”