章军的战略态势，发生了巨大的变化。事实上，有了阿里山地区，章军已经牢牢地掌握了战场的主动权。以阿里山为依托，章军进可攻退可守。
唯一的问题是，阿里山毕竟物产不够丰富，难以承受数万章军的供给。所以，周宪章在阿里山站稳脚跟后，仍然只是把独立旅放在山里，主力留在台南地区。阿里山章军兵力，只有五千人。
不过，伏生和孟侬组织邹族勇士，组成了一支三千人的军事组织，号称章军阿里山纵队。独立旅在玄月湖消灭了日军渊田支队后，缴获了不少枪支弹药，周宪章把大炮留下，枪支全部交给了阿里山纵队。孟侬担任纵队长。
阿里山纵队是章军的地方武装，直接隶属于阿里山通事——也就是周宪章本人。阿里山纵队的主要任务，是帮助章军征集粮草，打探情报，组织民间自卫力量守护家园。同时，他们也是章军的补充营和预备队，可以向章军输送兵员，战事紧迫的时候，也可以作为预备队直接参战。
阿里山邹族归服章军，还带来一个连锁效应。邹族是台湾原住民当中一个较大的民族，在台湾具有相当的号召力。邹族与章军结盟，在台湾其他地区的原住民，泰雅族、阿美族、布农族、卑南族、达悟族、排湾族、鲁凯族、邵族、赛夏族、噶玛兰族、太鲁阁族、撒奇莱雅族、赛德克族等等，迫于日军的压力，也纷纷向章军靠拢。
很快，台湾全部原住民都归服在章军的旗帜下，形成了一个坚固的抗日同盟阵线。
吴彭年和丘蓬甲以章军特派员的身份，潜入台湾中北部日军占领区，与当地汉人和原住民建立联络，组建了三个游击纵队，第一游击纵队司令吴彭年，在彰化一带活动，第二游击纵队司令丘蓬甲，在台北一带活动，而第三游击纵队司令是梅里溪的弟弟梅幺，以阿里山为根据地，向西北方向活动，与第一、第二游击纵队相互呼应。
乃木希典为了慑服台湾民众，借用日本辰戊内战的经验，对占领区采取了残酷的高压政策，日军对拒绝与日军合作的当地人，连同他们的亲属，进行残酷诛杀。然而，乃木希典忘了，中国人不是日本人，日本人向来欺软怕硬，而中国人却是遇强则刚，遇弱则柔。残酷的杀戮，不仅没有慑服台湾民众，相反，激起了民众对日军强烈的仇恨和反抗意志，自从日军占领台湾中北部，民众自发的反抗就没有停止过。只是，这些抵抗没有组织，缺乏领导，更缺乏后援，很快就遭到日军镇压。
而现在，吴彭年、丘蓬甲率游击纵队潜入日站区，民众自发的抵抗，与游击纵队的组织体系结合起来，立即发挥出了巨大的作用。在当地民众的帮助下，游击队攻击日军的据点和交通线、铲除汉奸、劫杀小股日军。打得日军惶惶不可终日，很快，散落在乡村集镇的日军据点，被游击队一个个拔除，日军用刺刀建立起来的地方治安政权，也是摇摇欲坠。
表面上，日军控制着辽阔的台湾中北部，而实际上，日军能够控制的，只是台北、基隆、台中、新竹、彰化这些大中城市，在辽阔的农村和山区，成了章军游击队的天下。
按照周宪章的授意，吴彭年和丘蓬甲在敌后的活动，不仅仅是打击日军，更为重要的任务，是选拔才俊，建立地方政权，为章军全面接管台湾做好准备。章军占领阿里山后，周宪章就意识到，他已经奠定了乙未战争胜利的基石，胜利只是一个时间问题。现在，他需要考虑赶走了日本人之后的事。
周宪章决心，决不能把章军兄弟们用鲜血换来的台湾，拱手交给大清国朝廷！
……
10月4日，也就是周宪章进入阿里山后的第三天，那哈五率部撤离嘉义，退守太保。
历时三天的嘉义攻防战结束。
近卫师团在付出了三千伤亡的惨重代价后，终于占领了这座被炮火毁灭的城市。
近卫师团攻占嘉义，是一场惨胜。然而，志大才疏的伏见宫贞爱亲王却把这场胜利当成是他的吉兆。他不顾部队的疲惫，命令近卫师团穿城而过，急速向章军的下一道防线太保进军。
疲惫到了极点的近卫师团官兵，在伏见宫的催逼下，不得不勉强前进，于第二天正午，抵达太保城下，与章军第二师主力交火。
然而，这一次章军第二师主力不像在嘉义的时候等着日军来攻，那哈五命令两个团，趁日军立脚未稳，向冲锋中的日军发起了反突击。
结果，一仗下来，日军的一个联队就被打垮了，败退三十里地，师团长伏见宫贞爱亲王要不是跑得快，差点做了俘虏。
更为令人沮丧的是，刚刚配属给近卫师团的二十挺马克沁重机枪，还没来得及发出一颗子弹，就被章军夺走了五挺，要不是重机枪中队跑得快，这些远渡重洋而来的重机枪，就成了日军送给章军的厚礼。
刚刚取得嘉义“大捷”的伏见宫，哪里忍得下这口气，收容溃败的部队后，再次向太保发起进攻。
然而，部队刚刚冲到太保城下，近卫师团突然接到了南方军司令部的命令——停止进攻，原地待命。
伏见宫无奈，只得后退二十里，与章军脱离接触。
这道命令是南方军参谋长神尾光臣下达的。
三天前，在近卫师团向嘉义发起进攻的同时，神尾光臣派出一支五千人的偏师，向阿里山进军，这支部队的前锋渊田支队，在玄月湖遭到章军独立旅攻击，自支队长渊田大佐以下一千五百人阵亡。
败报传来，神尾光臣来到地图前，他惊讶地发现，阿里山原来就是他苦苦寻找的台湾的结点！
很早以前，他就怀疑，周宪章这个抓战场结点的高手，一定发现了一个足以扭转战局的结点，只是，他实在想不到，这个结点在哪里。而现在，当他标志章军的黄色小旗插在地图上的阿里山时，这个结点就清晰地凸显了出来！
阿里山是整个台湾战场的结点！他发现，章军占领了阿里山后，整个台南，就成了一个巨大的陷阱！陷阱的井缘，就是阿里山！而井盖，就是彰化！
周宪章是以台南为诱饵，诱使日军往这个陷阱里跳！
而现在，近卫师团抵近太保，日军的一支脚已经踏进了陷阱！
神尾光臣出了一身冷汗。
而此时，南方军司令兼台湾总督乃木希典回到了台北，这些日子，台北地方很不稳定，发生多起叛乱，就在一天前，一伙武装分子攻击了基隆港，虽然没有造成很大的损失，但乃木希典明显感到了压力。为此，他不得不把前方指挥权交给神尾光臣，自己回到台北，行使总督的职权。
事态严重，神尾光臣一面向台北报告，一面下令，近卫师团停止对太保的攻击，脱离与章军的接触，已经进驻嘉义的第二师团，准备后撤到彰化。神尾光臣相信，只要日军后退到彰化以北，周宪章的陷阱，就形同虚设了！与此同时，命令阿里山日军残余部队，迅速后撤至彰化，以坚固的彰化城墙为依托，保护日军进攻部队的侧翼。
太保前线的战事，归于平静。声势浩大的台南进攻战，就要结束。
一只脚已经踏入了陷阱的日军，及时抽身，滑了出去。
……
夜色中的白鹿寨，灯火璀璨，歌舞升平。
如果说，粟祭是邹族人一年中最为神圣的日子，那么，今天则是邹族人最为欢乐的日子。
章军军长周宪章和阿里山女神梅里溪订婚。整个白鹿寨都沉浸在一派喜气洋洋中，家家户户张灯结彩，欢歌笑语。在举行粟祭大典的谷场上，新任大酋长伏生摆下了流水席，白鹿寨全体族人，不分男女老幼，都可以去谷场上随便吃喝，美酒佳肴，管够！
驻守在玄月湖的独立旅，也打起了牙祭，伏生命人给独立旅送去了美酒，独立旅官兵们，除了警戒部队，都可以开怀畅饮。
整个白鹿寨沉浸在一派喜色中，欢声笑语传进了大酋长府后面的黑牢中。
河野龙桥被捆在木桩上，耷拉着脑袋，垂头丧气。
河野龙桥自视甚高，作为情报官，他自认为自己是神尾光臣第二，唯一不同的是，他没有神尾光臣那么好的机缘，可以在甲午战争中大显身手。不过，他还是得以参加了乙未战争，尽管，乙未战争的规模无法与甲午战争相比，不过，这好歹是一个建功立业的机会。
而且，他似乎也把握住了这个机会。他利用阿南，牢牢控制住了白鹿寨，也就是控制了整个阿里山地区的邹族，为日军进占阿里山扫清了道路。然而，眼看就要大功告成，在关键时刻却掉了链子！