郑芝龙嘴上不愿意夸赞林纯鸿，实际上心里佩服得五体投地。林纯鸿的政略看似简单，实质上巧妙无比，逼得郑芝龙不得不随着林纯鸿的指挥棒跳舞。
但郑芝龙何等人物，岂能被林纯鸿所左右？这让纵横海上几十年、消灭海上群雄无数的郑芝龙无论如何也无法接受。
林纯鸿的政略看似无懈可击，实质上还是有不少漏洞，比如：对于海上扩张战略而言，林纯鸿声称两年内组织舰队征讨吕宋岛，如果这两年内有大明人提前驱逐了西班牙人呢？林纯鸿岂不是摆了一个大大的乌龙？
郑芝龙察觉到这点，并准备从此入手反击林纯鸿。
至于令旗费一事，郑芝龙充分考虑了郑彩的建议，而且还做了一部分改进。于是，在安平城内，出现了大明境内的第二家保险公司，其制度、方略一律学习三一社，就如三一社的复制品一般。同时，郑芝龙宣布对投保的海商实施保护，并在安平、厦门设立定点贸易处，收取二成管理费。
在海面上，郑芝龙取消了东海的令旗费，但对进出日本的船只依然收取令旗费。日本乃郑芝龙的禁脔，决不允许他人染指，这也是当然之事。
除此之外，郑芝龙扬言攻打吕宋岛，并加紧建造三桅大炮舰，增强远海作战能力。不过，火炮乃瓶颈，郑芝龙四处求购火炮而不得，只能令郑彩加紧从林纯鸿处谋取铸炮之法。
待林纯鸿听闻郑芝龙的应对之策后，大喜道：“从此东海变通途，广东和荆州算是连为了一体！”
“邯郸学步！着实可恶！”杨一仁甚为不甘，他曾为林纯鸿的海洋构想拍案叫绝，也为完善构想付出了大量心血，而郑芝龙不费一丝脑力，直接将奇思妙想纳为己用，他实在有点接受不了。
林纯鸿嘿嘿地笑了几声，道：“杨公认为郑芝龙此举如何？”
杨一仁坦陈道：“郑芝龙势大，长此以往，恐难制！”
林纯鸿摇了摇头，道：“郑芝龙最多算作照猫画虎而已！定点贸易说起来简单，若是没有大量的储备人才，何以运转？再说，定点贸易需要强大的海上缉私队配合，方能发挥作用，如今看来，郑芝龙似乎没有海上缉私的打算……”
顿了顿，林纯鸿又道：“不过，郑芝龙乃海上枭雄，这些问题迟早要被他发现，最终也会被解决。杨公也别担心郑芝龙，现在海上规矩由我们来制定，还怕他会翘上天去？”
杨一仁道：“郑芝龙准备攻打吕宋岛，岂不是让军门失信于海商，这可有点不妙。”
林纯鸿哈哈大笑：“郑芝龙并未昏头，短期内绝无进攻吕宋的能力！他也就是说说而已，恶心咱们一把。我看，明日三层甲板战舰就要下水了，等形成战斗力，到马尼拉与西班牙人先干一仗，让海商们明白，到底谁在说空话！”
杨一仁方才转忧作喜，接着与林纯鸿商议在安南挖煤炼焦之事。
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林纯鸿召开海商大会，擅自制定广东沿海海上政略后，广大官绅正准备卯足劲与林纯鸿纠缠一番之际，李自成、张献忠等贼寇突然进兵凤阳，打出了“古元真龙皇帝”的旗号，将皇陵享殿和朱元璋出家的龙兴寺焚烧一空，还将皇帝的祖坟也给挖了。
天下震动！
兵部尚书张凤翼“惊怖欲扑”，自洪承畴以下，众将人心惶惶，惟恐被朱由检迁怒，据说，左良玉连遗书都已经写好。
朱由检放声大哭，素服哭告太庙，下罪己诏，将凤阳巡抚杨一鹏处死，凤阳按察吴振缨遣戍。同时，“谕中外刷国耻，尽心杀贼”，调集重兵围剿贼寇。朱由检下了罪己诏后，众将方才放心，缪力向前，与贼寇不死不休。
然而，战争起色依然不大，曹文诏于甘肃宁州兵败自刎，邓玘手下兵变，登墙坠地而亡。
朱由检无法，令卢象升总理直隶、山东、河南、湖广、四川军务，并调来三千关辽铁骑，由祖宽、祖大乐率领，协助卢象升剿匪。
朱由检忧心如焚，林纯鸿当然不会在这个时候碍他的眼。他令周望暂时听从卢象升的命令，前往河南作战，并调虎啸军前往襄阳镇守。与此同时，他还上了份折子，请求朱由检将其调回北方，与诸将协同，共同剿匪。
不管林纯鸿想不想离开广东，但一定要表现得比皇帝还急，这就是忠诚！
当林纯鸿的折子被朱由检见到后，朱由检心里一动，忍不住就想把林纯鸿调到北方剿匪，国难思良将啊，现在曹文诏已经捐躯，能打的将领又少了一人，哪能不让朱由检着急上火？
不过，调林纯鸿算不算饮鸩止渴？朱由检有点犹豫不决，将温体仁叫来商议。
温体仁一听，不由得大急，赶忙劝谏道：“皇上，林纯鸿剿灭刘香之后，骄横无比，擅杀参将陆睿山，现在又在广州兴起了多少事端？这样的人，绝不能调到北方腹心之地！”
“天下纷扰，诸将无能，致使贼寇越闹越大，再不用非常手段，朕如何向列祖列宗交待？”温体仁坚决反对调回林纯鸿，朱由检颇为不满，反问道。
这话说得相当重，温体仁无法安其位，从落座的椅子上滚爬而下，伏在地上请罪：“臣无能，请皇上责罚！”
朱由检没好气地说道：“起来说话吧！”
温体仁从地上颤巍巍地爬起来，趁机整理混乱的思路：看来皇上对林纯鸿的忠诚有着盲目的自信，今日万不能逆着皇上的心思。但是，又不能调林纯鸿回北方，这可是关系到大明国祚的大事，万不能随意而为。
如果能顺利说服皇上放弃调回林纯鸿的打算，又趁机阴林纯鸿一把，方为上上之策！
短短的几秒钟内，温体仁就拿定了主意，他重新坐在椅子上，小心地说道：“皇上，前线并不缺精兵良将，洪承畴坐镇陕西，专剿西北之贼，麾下有曹变蛟、贺人龙、左光先等猛将；卢象升坐镇湖广，专剿东南之贼，麾下有祖宽、祖大乐率领的三千关辽铁骑，贼寇无能为也！”
东南、西北分区剿匪，本来就是朱由检的安排，温体仁小小地拍了朱由检一个马屁，朱由检心里稍微好受了点，顺口说道：“奈何花钱似流水！”
温体仁一听，心里狂喜，暗思道：这皇上还真上道，我还没引导，就想到钱粮上去了。
不过，朱由检说得乃是实情，凤阳祖坟被挖了后，朱由检不仅拿出四十多万两的内帑，还严令户部挤出五十多万两银子，以积极供应前线将士作战。朱由检之所以能一口气拿出四十多万两，主要还在于张彝宪每月提交的十几万两的利润。
温体仁竭力避开“林纯鸿”三个字眼，居心叵测地说道：“臣闻，自卢巡抚坐镇武昌之后，湖广至今无一贼寇入境，以至于今夏湖广大熟。据闻，湖广的粮食源源不断运往江南。而河南、陕西赤地千里，不如让湖广多拿点粮食出来，周济下北方，也算湖广子民对圣上的一份孝心！”
朱由检好像完全不在乎温体仁的用意，说道：“湖广夏税已缴，仅仅荆州、夷陵两地，夏税将近六十万两银子。再向湖广征集粮草，恐怕会失去民心。”
温体仁神色颇为激动，道：“正所谓主忧臣辱、主辱臣死，湖广的大财主应该很乐意为皇上分忧！”
朱由检很自然将“湖广的大财主”联想到林纯鸿身上，皱着眉头思索，看找林纯鸿征集粮食是否可行。他从奏章里早就知道，林纯鸿储存粮食将近千万石，还为此建立了大量的常平仓，用于平抑湖广粮价。
朱由检想来想去，想出了一个自以为绝妙的主意：让陈奎暗示林纯鸿主动纳粮，这样朝廷不会落下巧取豪夺的名声，又可以避免林纯鸿对朝廷产生怨恨，从而拒不执行，给朝廷造成不可估量的损失。
朱由检还想着，通过此事试探林纯鸿到底对朝廷有几分忠心，如果林纯鸿爽快纳粮，那么证明林纯鸿值得信任；如果林纯鸿拒绝纳粮，那么朝廷将加快对荆州的处理步伐，尽早将荆州军纳入朝廷兵马体系。
朱由检思索良久，方对温体仁说道：“此事切勿再提，朕自有计较！”
老奸巨猾的温体仁岂能不明白朱由检的意思，心中暗喜，趁热打铁道：“副将周望率荆州军主力进入河南剿匪，荆州、夷陵、襄阳等地防守空虚，恐为贼寇所乘，不若令秦良玉率白杆兵进入荆州，就此遮护江汉膏腴之地。”
温体仁的话虽说得隐晦，朱由检哪能听不出“趁荆州军不在，一举解决林纯鸿老巢”的意思？
朱由检犹豫良久，方说道：“此事不急，待林纯鸿纳粮之后再说！”
温体仁暗叹了口气，心里直纳闷，性急的朱由检为何对林纯鸿如此包容，失去了这次机会，下次还要等到什么时候？
温体仁无法，只得口称“皇上圣明”，然后退出了乾清宫。