军事准备乃是核心，对内部的掌控与清理也进行得如火如荼。
与荆州军内部的军政处相对应，林纯鸿在中书府成立了政宣司，在荆州、夷陵、夔州和枝江四部分别成立政宣处。政宣司、处成立之后的第一件事就是派出宣讲队，到处走村串户，宣传邦泰的各项政策和荆州军战绩，增强老百姓对邦泰的认同感。
同时，林纯鸿令安防司加强了对属地内官僚及士绅的监控，严防这些人在属地内兴风作浪，维护四地的稳定。并令安防司增强对奸细的抓获力度，短短一个月内，抓捕各类奸细百余人，这些人来路五花八门，甚至还有左良玉及郑芝龙的人马。
而且，林纯鸿将各地的关卡尽数拆除，并严厉打击各种敲诈勒索、损害工商的行为，此举得到开明士绅的一致拥护。
林纯鸿相信，政治上说得再花团锦簇，也及不上钱粮的作用，因此，他制定了详细的赈济计划，对无劳动能力的困难百姓实施补助；同时，投入巨资，对境内道路进行整治、开凿入川纤道、建设遍及全境的灌溉、排水设施，实施以工代赈。
此外，林纯鸿还对一些关键性行业实施退税政策，刺激这些行业的发展。
以上均是对内，林纯鸿这段时间左右开弓，使得邦泰在荆州、夷陵和夔州的根基日益深厚，建立起稳固的统治。
对外，林纯鸿令军情司加强了对各路兵马、东林党、复社及朝廷的监控，对各方的态度洞若观火。上奏给朱由检的奏章，在三天之内，就被传回荆州，以便林纯鸿迅速采取对策。
当林纯鸿得知朱由检令内阁商议章程之后，与曹化淳一样，林纯鸿松了一口气。刚愎、性急的朱由检最终没有派兵攻伐，最大的危机业已消失。
按照大明朝堂的一般惯例，无论何类大事，只要交付朝议，必定在各路政治势力互相斗争、妥协后，方才出台处理措施，这一过程旷日持久，估计到时候连娃都生了好几个了。
不过，针对铺天盖地的指责谩骂，林纯鸿不能沉默，沉默就等于默认，将助长上奏之人的嚣张气焰。
而且，林纯鸿知道，朝廷举步维艰，根本无力讨伐荆州，自己得给朱由检和朝廷一个台阶下。因此，林纯鸿精心炮制了一份自辩奏章，往京师送去。
在奏章中，林纯鸿首先回顾了北上剿匪的辉煌经历，大肆夸耀战功，并极言荆州、夷陵为了供给前线将士作战，生活每况愈下，惨不忍睹，同时向朱由检大表忠心，声称自己为了剿匪，食不安寝、睡不安眠，如此这般，方才连战连胜。
紧接着，林纯鸿竭力否认擅自开府建衙一事，声称自己为了供应前线将士，不得已组织商号博取利润，一切都是为了剿匪。商号也需要管理、安防及监督，之所以有中书府、都督府及监察府之传闻，乃伙计妄称之罪。林纯鸿保证，将克期整顿，若伙计有逾越之罪，定惩不饶！
至于江匪劫掠一事，林纯鸿声称，并非受他指使，乃属下为财利所惑，临时起意，方才出现此类事。林纯鸿表示，将严厉处罚属下，给受损的商旅一个交待。
林纯鸿还辩称，以荆州左卫、大田千户所为名制造武器，乃迫不得已。卫所制度崩坏已久，所造武器甲装根本不堪用，荆州军将士极度缺乏武器甲装，不得已，方才另起炉灶，为荆州军自配武器甲装。
对于逼迫监视地方官僚一事，林纯鸿声称，地方官僚专注贪*腐、唯务党争，致使前线将士供应不及，导致许多绝佳战机白白错过。为了提高地方官僚的效率，不得已派出弓兵在荆州、夷陵征集人力和粮食，“越厨代庖，实非臣愿，乃为地方官吏推诿所逼”。
林纯鸿还声称，为朝廷计、为生民计，在荆州、夷陵、荆门实施了土地赎买之策，降低租税，鼓励种植，“臣观荆州、荆门、夷陵三地，无一寇入境，无一民投匪，皆此策之功也”。
总之，林纯鸿一条条辩解，一条条驳斥，一条条否认，字字泣血，声声是泪，大打心理派、感情牌，试图抓住朱由检的心。
除此之外，林纯鸿花大量篇幅介绍了自己铸造银币和铜币一事，并为此而感到自豪，声称自己通过铸币而供养荆州军，还详细介绍了铸币的技术细节和管理环节。最后还声称，如果朝廷能铸币，定然达到民不加税、军饷自足的局面，极力蛊惑朱由检和朝廷诸臣铸币。
除了上奏章自辩以外，林纯鸿还准备玩一个大的，彻底堵上官僚士绅的嘴巴：按时按量尽快缴纳田赋秋税。
在未进行土地赎买之前，荆州、荆门和夷陵等地缴纳田赋的土地不过二百多万亩，一年正税不超过二十万两白银。而林纯鸿身无功名、爵位，无免税之特权，现在归于其名下的一千多万亩土地就必须缴纳正税，仅仅缴纳秋税就超过五十万两。
随着林纯鸿一声令下，二百余名精锐甲士护送着五十多万两白银，乘坐船只，浩浩荡荡往京师而去。
林纯鸿完全可以想象这五十多万两银子抵达户部时，那些攻击正凶猛的官僚士绅是什么表情！
当林纯鸿的自辩奏章抵达京师时，各路人马吵闹正凶，除了刻意保持沉默的温体仁一党、东林党外，朝臣们赤膊上阵，叫嚣着要立即派兵剿灭林纯鸿，还大明一个荡荡乾坤！还大肆制造舆论：大明之所以贼寇难出，责任就在林纯鸿这样居心叵测的武将身上，搞得前线武将人人自危，纷纷痛骂林纯鸿不已。
奏章刚抵达通政司，就被朱由检公开，有些朝臣连奏章都未读完，就把奏章扔到地上，轻蔑地下了判语：“狡辩！”然后继续开骂，大有不除林纯鸿大明将完蛋的气势。
等这些朝臣骂了几天，方才发现，朱由检已经好几天没有再提林纯鸿，而且朝堂的中坚力量温体仁一党、东林一党始终保持沉默。愈战愈勇的朝臣气愤不已，更加疯狂地上奏章，而且隐隐将矛头指向了温体仁，声称温体仁纵容林纯鸿，方才造成如此弥天大祸。
对这些蚊子嗡嗡声，温体仁一概不理，既不反击，也不辩解。他知道，他的权力基础就是朱由检的信任，朱由检开始沉默，他就更加沉默。他还在等一个机会，再抛出自己的杀手锏。
朱由检之所以在此事上沉默，主要是因为林纯鸿的自辩奏章给他的冲击太大！
朱由检在林纯鸿一事上，不可能不愤怒，就如当初听闻邓玘劫掠斯民一样，怒不可遏。但是，他必须忍！作为世界上最大帝国的最高统治者，朱由检虽然能力不足，但起码知道，很多事情并不能恣意妄为！
朱由检的心一直在滴血：私铸兵器，可以忍！指使属下劫掠，可以忍！擅自兴兵攻打土司，可以忍！土地赎买，可以忍！欺压地方官僚，可以忍！
然而，开府建衙、私铸钱币，决不可忍！这是朱由检的底线。
朱由检非常希望上奏之人全是夸大其辞，林纯鸿依然是忠心耿耿、能力出众的将领，依然在他的英明指挥下，征战四方。当林纯鸿的自辩状抵达朱由检手中后，刚开始，朱由检不停地冷笑，几乎直接下了“狡辩”的判语。但是，越往下读，越是爱不释手，当看到“越厨代庖，实非臣愿，乃为地方官吏推诿所逼”，朱由检心里居然有强烈的共鸣，朝堂之臣，无不尸位素餐，朱由检早就不满了。
当读到“臣观荆州、荆门、夷陵三地，无一寇入境，无一民投匪，皆此策之功也”时，朱由检几乎有了“姑且一试”的冲动。当读到“民不加税、军饷自足”时，朱由检拍案叫绝，忍不住大呼道：“朝臣昏庸，如此良策居然熟视无睹！”
朱由检内心激荡不已，久久不能平静，他内心担忧不已，深恐操之过切，逼反了林纯鸿，那就万事休矣。
正当天下官僚士绅甚嚣尘上时，自荆州而来的五十多万两白银运抵户部。这五十多万两白银乃荆州、夷陵、荆门三地的秋税，如果天下州府均治理如三地，大明一年收入该是多么庞大的数字？继续攻击林纯鸿，该如何面对这五十万两真金白银？如果就此偃旗息鼓，万一朱由检令天下行林纯鸿之策，那岂不是大家一起完蛋？
五十万两白银如同响亮的嘴巴一般，直接扇在众官脸上，整个大明上下一下子失声，朝堂立即安静，这段时间上蹿下跳的朝臣也紧闭了嘴巴，不知如何是好。
相比较极尽谩骂之能事的众官，温体仁和东林党人不由得冷笑连声：“幸好没踏进这趟浑水，这林纯鸿够狠，直接将谩骂的众官推到了崇祯帝对立面！”
这里面，最为惊喜的莫过于朱由检，林纯鸿爽快地缴纳秋税，说明林纯鸿并无谋反之心，还算有点忠义之心。更何况，这五十万两银子可谓解了朝廷的燃眉之急，年关将近，朝廷正等着米下锅呢。
至于如何处置林纯鸿，朱由检陷入了两难的境地，迟迟拿不定主意。朱由检犹豫了好几天，最终决定，把这个难题扔给内阁，于是，朱由检命令温体仁尽快票拟，尽快解决林纯鸿一事。
温体仁接到朱由检的口谕后，虽然暗度朱由检可能容忍林纯鸿，但无法把握处理的尺度，于是拿出了严厉的方案，试探朱由检的真实心事。
温体仁建议，调四方之兵分布荆州周围，逼迫林纯鸿率兵北上剿匪，趁其离开老巢，断其粮道，迫其放弃兵权，将之下狱。
朱由检一看到这个方案，从心里无法接受。以朱由检之能，也能看出此方案漏洞百出，绝不可行。于是，朱由检下旨令内阁重新票拟。
温体仁通过此举，知道了朱由检的态度，方才把他深思已久的方案拿出台，摆在了朱由检的面前。