稳固了边疆之后，朱显波有借机将各行省布政使和各军镇总兵轮换，或平调或升任中央官职。其中变化最大的是杭州知府杨一鹏升任浙江布政使。在朱显波心里地方大员，尤其是军政一把手不能长期在一个地方呆着，不然很容易滋生腐败和结党营私。
安排了国内的军政大事，朱显波觉得自己终于可以抽身前往东南亚了，前文讲过东南亚的重要性。而朱显波一心想打造一个海权帝国，东南亚必须牢牢的掌握在大明手中，成为大明的后花园。但根据锦衣卫的情报，西班牙和荷兰人并未完全从东南亚撤出，大明舰队的巡逻也只能停留在港口层面，又是马尼拉和爪哇国，西班牙的殖民力量似乎在加强。
所以朱显波很想亲自去看看，同时也了解下海战实况，为将来肯能的大海决战做充足的准备。于是命皇后周涛监国，政务院会议由每五天一次改为每十天一次。这样也减少周涛上朝的时间，以便腾出时间教育孩子们。对于皇后监国，大臣们虽然有不同意见，好在各部机制完善，而且有五年规划大纲指导，不遇到紧急事情不需要请示，倒也能勉强接受。
军事准备方面对舰队重新进行了船只和舰队划分，戚宏亮任南巡总指挥和朱显波等一起驻远洋舰队，远洋舰队以‘天津’号为旗舰，穆友前任远洋舰队司令。除‘天津号’外，舰队还有其他9艘普通战舰，全员五千五百人，其中水师五千，五百禁军、锦衣卫和伺候皇上的宫女、太监已经特种部队和占地医疗队同行。
伤不起带北海舰队驻扎长崎，主要目的还是为了监控日本全海。龙康仔带东海舰队驻扎广州，为接任北海舰队和远洋舰队做准备。
临行前，礼部尚书王诚恩将南洋诸国的情况呈给朱显波，朱显波不看不知道，一看吓一跳，原来这些明明是一直臣服于大明的属国，却面临着各种势力的威胁。
“回皇上，目前南洋的主要政权有缅甸（阿瓦王朝）；爪哇（马打兰王国）；亚齐（在今天的印尼境内）；暹罗（阿瑜陀耶王朝）；米南加保（在今天的马来西亚境内）；柔佛（在今天的马来西亚境内）；老挝（澜沧王朝）；万丹（在今天的印尼境内）；望加锡（在今天的印尼境内）。”
“此外，还有一些夹在大国之间的附属国或者小国，例如景栋（在今天的缅甸境内）、清迈、兰那泰（在今天的泰国境内）、吉打、吉兰丹、巴塔尼、玻璃市和丁加奴（在今天的马拉西亚境内）、巴邻庞、占碑、马辰（在今天的印尼境内）、文莱等等。西方建立的势力主要有：葡属马六甲；葡属帝汶；西属马尼拉；荷属巴达维亚；荷属帝汶。”
“这么说来，马六甲和澳门一样在葡萄牙人手中，那台海舰队怎么找机会不攻占呢？葡萄牙和西班牙人怎么也不反对大明巡航呢。”
“应该是葡萄牙愿意讲和，并未阻拦我大明舰队巡逻。另外，葡萄牙人也有意与我大明联手对付荷兰人。”
“这个要好好的加以利用，这样你们礼部这次也派员参见南巡吧。”
“微臣遵旨。”
“还有，朕这次想到瑶姬同去，她跟朕提了很多次。朝廷的事情你要多加操心，替薛相等人分忧。”
“请皇上放心，这是为臣的本分。”
而王瑶姬听说朱显波终于同意带自己出去南洋，高兴得一点不像个大家闺秀，当着孩子的面抱着朱显波一顿猛亲。
“注意形象，孩子还小，你打算带他一起去还是独自留在宫里啊？”
“这个。。。”
“你看你怎么做人母亲的啊，真要好好跟皇后学学。”
“是！”
“周皇后要管好几个孩子呢，朝封暂时就送到姥爷家去吧。我叫内务府将每月的开销按时送过去。”
“哎，朝封要是再大点就好了，带他一起多好啊。”
“海上环境恶劣，风浪太大，还是听真的。另外医疗队的钟雪也跟真去。”
“皇上。。。”
“你看你，朕就是要提醒你，你已经是娘娘了。钟雪是个江湖人士，性格直爽刚烈，朕希望你俩能成为好朋友，而不是向薛美琳那样，知道吗？”
“知道啦，臣妾不会坏你们的好事的。”
“还说知道了。她要带医疗队。朕也不能把太医院搬到船上去啊，所以她们医疗队很重要。”
交代完王瑶姬，又让王永胜按安排太医院两名太医随行，王永胜知道皇上也要带自己出海，既激动又害怕。激动的是郑和创下的丰功伟业，自己作为太监虽然不能亲自带队，但总算能见着大海了；害怕的是大海上有妖怪或者自己晕船。
当然最高兴的还要属钟雪了，以前在舰队里整天面对那些臭男人，虽说自己待遇不差，可是没一个看得顺心的。朱显波还非交代自己要把这些姐妹的大事给解决了。这回终于有机会赖在皇上身边了，其实医疗队也没啥让她操心的。只是不习惯后宫的禁锢生活才不愿意进宫。
南巡船队，一路从天津出发，沿沂州、杭州、泉州南下。
可刚到广州就接到马尼拉华人来求救，西班牙人来之前中国商贩已经和菲律宾人打过好几世纪的交道了，与中国的贸易和华工涌入也对西班牙殖民地的初期发展起了巨大作用，可随着在菲华人数量的增长，西班牙人对其渐渐产生了恐惧和敌意。并对其推行迫害政策，称中国人为桑雷人。
1603年“第一次中国人叛乱（起义）”，两万多华人被西班牙人屠杀，“第二次中国人叛乱”发生在1639年11月，始于中国居民与中国海盗联合试图攻占马尼拉，但谋事不密只得仓促战斗。其实就算是策划在周密，没有武器还是白瞎，斧头终究斗不过洋枪。
战斗局面对中国人很不利，西班牙人已经打算在当地再次展开屠杀华人的行动。这还了得，当初应该果断的将东南亚的西方殖民势力清理出去的，朱显波有点为自己的动作迟缓后悔了，既然自己到了广州就不能不管。
“皇上，要不您在广州稍事休息，臣等带舰队赶去马尼拉。”戚宏亮和穆友前都担心皇上不习惯海战。
“海外华人也是大明百姓，朕的子民啊。既然来了，朕怎么可能临阵退缩。通知各舰队重新分配任务。这一次务必完全占领马尼拉。”
于是令龙康仔从吕宋岛东面登陆，自己则率船队火速赶往马尼拉，一场救援行动即将展开。同时让礼部另行坐船联络南部的棉兰老岛和苏禄群岛穆斯林势力准备合围马尼拉。在菲律宾人眼里，中国人也许就是隔壁邻居或者表亲，这西班牙、荷兰人则是强盗、土匪，有本质的区别，朱显波不会一切可以团结利用的人。
舰队在东南亚巡航了这么久一直未曾与西班牙公开开战，这次总算逮着机会了。而且东南亚的华人越来越多，朱显波感觉自己的压力也越来越打，需要尽快的整合东南亚，驱逐西方殖民势力才有华人的好日子啊。
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