远在武昌的郑克臧并不知道巴达维亚发生的一切，因此基于持续威慑日本的目的，他遂于武成四年二月十五日正式下达了对水师的改组命令。
根据这道命令，除长江内河水师、西洋水师珠江舰队、西洋水师金兰舰队湄公河分舰队等内河水师舰队以外的夏军水师按海域分布正式编组为北国、浙海、闽台和西洋四支水师。
负责日本、朝鲜、海东及渤海湾海域巡航任务的北国水师下辖第一巡航舰队、第三巡航舰队、第一信报船舰队、第一军输船舰队和虾夷地分遣队。
其中第一、第三巡航舰队各编有三个标准巡航船分舰队，每个标准巡航船分舰队下辖巡航船四只及信报船两只；第一信报船舰队亦编制有三个标准信报船分舰队，每个信报船标准分舰队下辖信报船四只；第一军输船舰队则编制四个标准军输船分舰队，每个军输船分舰队下辖一万五千料大小的混合样式运输船两只；虾夷地分遣队系由北国水师下属的各舰队抽调舰船组成，负责津轻海峡以北直至苦无岛附近北辽海的巡航任务，另外虾夷地船场建造的舰船也会暂时编入该分遣队进行海试。
除了舰队的部分，北国水师还下辖济县、福江、虾夷地等三个镇守府和龙骧军第四师。
夏军水师镇守府的编制都大同小异，一般都编制一支拥有轻型快帆信报船、老式戎克船、桨帆船及小型快舸、长龙在内各种杂式船只的港口特务舰队以及用于守备炮垒、承担港口防务、维持各舰队缁补的伏波军一部。当然，虾夷地镇守府与虾夷地都护府并非一回事，一个是水师港区管理机构，另一个则是殖民地行政当局，两者不可混淆一谈。
至于龙骧军第四师则主要驻扎在济县西归浦港、福江县有川港、日本对马藩严原港、朝鲜海州港以及北朝鲜的南浦港---北朝鲜的南浦港因为深入敌境，所以仅有不到一团兵马扼守互市商港外的棱堡区；严原港的驻军则是用来震慑当地倭人，给新近接收对马的田川家撑腰的，所以也不过只有半团；有川港方面只来得及规划了驻军营地并无无实质性的兵马入驻；该师主力两个多旅依旧分别驻守海州和西归浦，以应对各个方面可能出现的危机。
负责扼守长江门户及舟山、福宁列岛并协防琉球的浙海水师下辖第一巡洋舰队、第二巡洋舰队、第四巡航舰队、第二信报船舰队、第三军输船舰队、第六军输船舰队和琉球分遣队。
其中第一、第二巡洋舰队各编制三个标准巡洋舰分舰队，每个标准巡洋舰分舰队下辖各型巡洋舰两只及信报船两只；第四巡航舰队下辖四个标准巡航船分舰队；第二信报船舰队编制三个标准信报船分舰队；第三军输船舰队编制三个标准分舰队；第六军输船舰队编制四个标准分舰队；琉球分遣队则由上述各部抽掉舰船、兵力组成，负责巡航北至日本萨摩南到东宁基隆的整片琉球海域，三都澳船场建造的新船也会暂时编入该分舰队进行海试。
除了上述舰队以外，浙海水师还代管水师大学堂下属训练舰队。水师大学堂训练舰队包括信报船分舰队、戎克捕鲸船分舰队、近海运输船分舰队、桨划船分舰队等，主要负责在外洋海域训练新晋水师武官和部分水师官兵。
浙海水师另外还下属崇明镇守府、大衢山镇守府、三都澳镇守府和龙骧军第一师，其中龙骧军第一师第一旅驻宁波、第二旅驻嘉兴、第三旅驻太仓、师统制部和师直属团哨驻松江。
负责福建、东宁、潮州沿海及东沙、中沙、南沙并纳闽、长岛诸海域巡航的闽台水师下属第三、第四巡洋舰队、第五巡航舰队、第六巡航舰队、第四信报船队、第二军输船队、第四军输船队和纳闽分遣队。
其中第三、第四巡洋舰队与第一、第二巡洋舰队一样各编制三个标准巡洋舰分舰队；第五、第六巡航舰队则各辖三个标准巡航船分舰队；第四信报船队下辖两个标准信报船分舰队；第二、第四军输船队各辖三个标准军输船分舰队；纳闽分遣队则由上述各部抽调舰船、人员组成，负责纳闽、长岛、南沙、中沙等北婆罗洲附近海域巡航任务。
闽台水师另外还下属海坛镇守府、金厦镇守府、澎湖镇守府、南澳镇守府、纳闽镇守府和龙骧军第三师，其中龙骧军第三师主要驻扎在东宁地区，另有一个团左右的兵力日常轮戍纳闽地区并协助纳闽镇守府、纳闽都护府震慑文莱苏丹国，确保各世袭都总管控制北婆罗洲。
负责广东、广南、琼州、安南、越南、金兰、占城、真腊、暹罗、呔泥、凌牙门、坤甸等海域巡航的西洋水师是原三洋水师中唯一得以保留原来名字的，其下除下辖的珠江内河舰队、金兰舰队湄公河分舰队等内河舰队、分舰队外，该水师还下辖第五巡洋舰队、第二巡航舰队、第三信报船舰队、第五军输船舰队、第七军输船舰队、金兰舰队、海峡舰队。
其中第五巡洋舰舰队同样编制三个标准巡洋舰分舰队；第二巡航舰队则下辖四个标准巡航船分舰队；第三信报船舰队下辖四个标准信报船分舰队；第五军输船舰队下辖三个标准军输船分舰队；第七军输船舰队下辖四个标准军输船分舰队；金兰舰队因为单独负责金兰、占婆至暹罗湾沿海的巡航任务，所以混合编制两个标准的巡航船分舰队、一个标准的军输船分舰队和一个标准的信报船分舰队；海峡舰队同样由两个标准的巡航船分舰队、一个标准的军输船分舰队和一个标准的信报船分舰队组成，负责马六甲以东至蜈蜞屿间海域巡航任务。
经郑克臧亲手计算，完成改编并补充入相应舰船之后的华夏水师将拥有六十位炮的一等巡洋舰十二只、五十二位炮的二等巡洋舰十八只、四十四位炮的一等巡航船三十八只、三十八位炮的二等巡航船三十二只、二十八位炮的三等巡航船二十六只、十二位火炮的一等信报船五十二只、八位火炮的二等信报船八十只、一万五千料（900吨级）以上的重型军输船五十四只，其余如四位火炮的小型信报船、福船、广船、鸟船、沙船及桨帆船、桨划船并走舸、快蟹、长龙等舢板数目数以百计••••••
华夏水师尚在接受命令改编，北方清军便抢先一步行动起来。二月十六日，山东巡抚雅努亲自至黄县役使登莱百姓沿海设置烽火台；二月十七日，直隶巡抚贝和诺也行文天津、沧州等地知府，勒令工期兴建烽燧；由此清廷环绕整个渤海湾的预警机制开始建立。
康熙四十二年二月二十六日，清登州水师又以四十条渔船搭载二百多水师官兵成功登上南北长山岛，接着又从并不存在的夏军手上成功收复相邻的庙岛、大黑山岛等一系列岛屿，初步控制了庙岛水道和长山水道。
三月初七，在南北长山岛初步建立起烽火瞭望台和屯兵点的山东清军继续北上夺岛。结果在付出了“重大”代价之后，成功夺回了空无一人的砣矶岛及附属一些小岛，基本建立起对南砣矶水道、高山水道、北砣矶水道的预警。
等到三月十五日，例行巡航的两艘夏军信报船驶入渤海海峡的时候，却诧异的发现，从北城隍岛开始，渤海口诸岛次第燃起烽火，并且烽火以夏军瞠目结舌的速度向辽东、山东半岛一路扩散，直达夏军水师官兵视力所不及的远方。
“清军这是搞什么鬼？”两名夏军通报船指挥官用信号旗聊了一会还是不明所以。“走，回去向上官报告，清军怕是有大的动作了••••••”
清军的确有大的动作了，三月初十，一千外火器营、一千八旗新军并三千新营制绿营携武成永固大炮十位并轻型神威将军炮三十位自京津地区出发，一路东行，仅耗时七天便穿过在他们眼里最危险的辽西走廊抵达盛京。
稍后这股清军休整三日，于三月二十五日越过鸭绿江进入北朝鲜。
此时北朝鲜仅保有极其贫瘠的咸镜、平安两道及黄海道、江原道的一部分，户籍不足三十万，兵力不足三万，只是靠着南朝鲜方面对彻底灭亡北朝鲜会迫使清廷大举介入的担心及五千驻平壤清军对南朝鲜军的现实威慑才勉强维持下来。好在，占有四道、户籍百万、拥军五万的南朝鲜方面也有隐忧，出于对华夏方面强迫朝鲜履行约定、渡让朝鲜王位的担心，南朝鲜方面其实也不愿意立刻统一了朝鲜，从而为华夏平白做了嫁衣。
正当南朝鲜内部亲夏一派与反夏力量还在笃悠悠的重复着过去惯常的党争，清军已经拉开了反击的序幕。三月三十日，率军入朝的八旗新军左翼都统一等公坡尔盆统一指挥新旧八旗及绿营兵八千在平壤誓师、随后越过大同江，途径黄州后直扑要津麒麟道。与此同时，为了迷惑在南浦的夏军，清军还假意互市，结果夏军守将还在考虑为数十车辽东巨木搭建仓库之际，清军前锋马队以及夺取了麒麟道。
清军旋即舍弃海州不攻，先夺了礼成江畔的金川郡城，随即直逼重镇开城••••••