随着吴兴祚等人一死一俘一逃，潮州之战已经到了尾声，自知以仅有的千数兵力无法对抗郑军反卷回来的浪头的潮州府选择了上吊自尽，剩下的清军在瞅见郑军严密的阵形后开城投降，法光寺一线的清军也在稍后散逃，至此郑军终于获得了潮州之战的最终胜利。
不过，郑军在广东的胜利并不能改变当前严峻的局势。
早在七月十三日，御驾亲征的康熙率直隶、山东、河南等地兵马并禁旅八旗前锋营、虎枪营、骁骑营等部五万人开抵江宁，虽然江南的炎热天气使得上述各部暂时无力继续进军，但随后从安徽、江西等地汇聚的部队使得屯驻在江南的清军兵力超过了八万，而更令明郑方面不安的是，布置在苏南浙北的近六万清军得以彻底脱出手来南下。
七月二十七日，次第南下的苏浙清军顶着台风抵达温台地区，除一部对太平一线的郑军实施封堵外，余部直趋鳌江，屯兵苍南。但是由于南雁荡层峦迭嶂崎岖难行的地貌，清军迟迟无法突破浙闽边境，只能不断的用血肉换取蔡元书部且战且退。
有鉴于直接进军福宁十分困难，清军被迫绕经道路同样难行的仙霞关一线，但是西线清军尚未入闽，引以为内应的福建邵武镇便被自福州西进的左右勇卫军所击破，南平、顺昌、邵武、建阳、浦城等地相继落入郑军手中。福建总兵毛洪言随即在闽西、闽西北大肆召集新兵，组建了左右邵武、左右南平等四个师。
清军也曾试着从赣南进军闽西，但是王新化率经过改编的两个师万余人自宁化越过武夷山攻入赣南石城，旋即克宁都州，守城宁都营全军覆没，此后王新化又在雩都击溃南赣镇总兵麾下吉安营、兴国营、文英营，永镇营，横冈营等部，兵逼赣州城下。
由于江西止有两镇绿营，其中九江镇大部已经东调江宁，剩下的又要震慑赣西防止义军死灰复燃，因此身兼江西水陆师提督的于成龙只能一方面亲赴抚州督战，另一方面向湖北、湖南两省请求援兵。不过湘省绿营中的镇溪营、河溪营、绥宁营、长安营、保靖营左营、镇溪营、河溪营等部已经相继开入广东，因此无力大肆援助江西，只有湖北派出了提标三营、黄州协一部以及蕲州、兴国、均光等营头辗转入赣。
但王新化此时犯了一个战略上的错误，为了获得郑克臧许诺的江西总兵的职务，他没有趁着赣南清军兵力不足的机会扩大占领区，反而顿兵于赣州坚城之下碰得头破血流。八月十七日，鉴于清军援兵纷至沓来，王新化被迫自会昌州方向退回闽西固守。
八月二十日，江南地区的盛夏接近尾声，康熙率兵离开江南趋苏州而杭州。
九月初七，康熙抵达杭州，随即召开军事会议，决定以一部先攻象山、太平，其余各军在浙江分两路，在江西分两路，在广东分一路，五路围攻福建。
总boss一声令下，清军顿时有如打了鸡血一样。九月十一日，捷报首先从太平传往杭州，在清军的反复攻打下，洞头都督府被迫撤出在太平的部队，并撤出了全部的屯民。为了激励清军的斗志，康熙千金市骨，当即简拔指挥作战的台州镇副将桦善为镶白旗汉军副都统。如此一来，前线的清军便愈发的疯狂了。
九月十三日，就在郑克臧击败吴兴祚所部的当天，清军在付出极大代价后终于在南路逼近象山县城，为了避免无谓的损失，洪磊下令将海龙骧师第二团所部尽数撤往舟山。不过为了反击清军咄咄逼人的势态，郑军旋即在苏北再度登陆，对两淮盐场大肆破坏之后，才在狼山镇剩余的守军目视下扬长而去。
九月十四日至九月十七日间，郑军北方舰队连续炮击蓬莱、黄县、福山、宁海、海阳、胶州、登州等地，并派兵上岸掠夺人口。对此，曾经担任过江宁织造的山东巡抚桑额一方面命令绿营登州镇严防死守，一方面向杭州和北京同时飞报，不过其在上奏的折子中称道，这是郑军黔驴技穷的表现，意在围魏救赵，山东有能力自保云云。
九月十九日，清军以长江水师各营、太湖水师营、京口将军水师营等保留下来及重建的水师单位发起对舟山的登陆作战，由于清军水师不敢光明正大的越过杭州湾从宁绍等较近的地方进击昌国本岛，所以清军被迫从松江出发，水程远了不说，还在出航后不久为郑军通报船所查侦。郑军舟山分舰队旋即调集全部软帆炮船扬帆出航，在滩许山、大白山西北洋面顺利截击了清军舟船。最终，郑军以船大胜船小，以炮多胜炮少，一举击沉击毁清军船只二十九只，俘获另外十五只及船上一千余官兵，其余清军舟船四下逃窜，利用郑军追击同伴时不克分身之际才得以逃出生天，不过清军强行登陆昌国、岱山等地的图谋就此泡汤了。
水师的再次惨败并没有打消康熙的战意，他很宽宏大量的饶恕了指挥海战的京口副都统等人，但是到了申时二刻，一封来自广州的加急军报传入杭州行宫，顿时引起了这位“圣君明主”的滔天怒火。康熙一改两个时辰前宽仁的嘴脸，下令抓拿吴兴祚进京受审，以广东巡抚朱弘祚署理两广总督、广东藩司江有良署理巡抚，调江宁将军博霁为广州将军，升江南陆师提督缪齐纳为江宁将军。
等心急火燎的处置完广东官场之后，心知广东形势不稳的康熙思前想后，权衡了许久，终于决定调川中绿营重庆等镇入鄂，调云贵绿营临元、安义等镇入桂，调鄂省绿旗兵郧阳镇、宜昌镇及广西、湖南剩余绿旗兵援粤••••••
九月二十一日清晨，钱塘江上的薄雾刚刚被升起太阳所驱散，郑军舟山分舰队的八艘二等巡航船便出现在乍浦港外---所谓二等巡航船就是郑军装备数目最多的三千料级双桅软帆炮船，根据郑克臧的亲自制定的划分标准，三千料至四千料的双桅炮船被称为二等巡航船，五千料、六千料的三桅炮船被称为一等巡航船，只有七千料以上的双层炮甲板炮船才能被称为巡洋舰，至于更高一级的战列舰，现在还只存在于马原等船场大使们的脑海里。
一见到郑军的巡航船出现，浙省在苏浙之战后抢筑的南湾炮台和乍浦炮台便拼命开火，猛烈的炮火在江面上形成一道道冲天的水柱。尽管清军的炮火悉数失的，但身处【岱山号】指挥的颜道及却不愿意用木质炮船跟清军的石砌炮台对抗，于是便引船南下，并在清军的视线之外继续向钱塘江上水域游行驶而去。
乍浦方面的清军并不了解郑军的行动，一见郑军从望远镜中消失不见，便洋洋自得的草书一封报捷的文书，宣传击退郑军水师袭扰并造成郑军舟船多数起火。然而骑上快马的使者刚刚自螺蛳门（清泰门）进入杭州城，望江门和候潮门外便响起了炸雷一般的炮声。
虽然杭州市民一年多才经历了苏浙之战的洗礼，然而苏浙之战中郑军水师并没有上溯至杭州城外并实施炮击的战例，突如其来的炮声和因为郑军炮击而引发的火势一下子让承平多年的杭州人感到了世界末日的降临。
哭爹喊娘的杭州百姓扶老携幼带着仅有的财产纷纷向城外逃去，除了正在遭到炮击的望江门、候潮门以外，百官（武林）、坝子（艮山）、正阳（凤山）、螺蛳（清泰）、清波、(涌金、钱塘、太平（庆春）诸门塞满了逃难的百姓，以至于原本准备紧闭城门防备郑军乘虚进攻的清军始终关不上城门，最终只能用棍棒驱散百姓了事。
郑军炮击了半刻钟后，随着康熙南下的清军御营炮队这才反应过来，纷纷以口径最大、射程最远的武成永固大将军炮与江上郑军对射，见到清军发炮还击，并不在意是否能杀伤多少清军的颜道及便主动撤出了战斗。
尽管打跑了郑军水师，但让康熙面临炮火的威胁实在是一宗大罪过，浙江总督范承勋以下浙省官员惶恐不安的跑去向康熙请罪，同时恳请康熙移驾苏州，以策万全。然而康熙却犯了倔脾气，非要待在杭州不可，范承勋只好请随军的明珠出面劝说。
明珠当然明白好名的康熙是担心有人说他畏战逃遁，于是进言请康熙南下绍兴。康熙闻之大喜，毫不犹豫的便予以采纳，当晚，康熙的御驾便渡过钱塘江抵达萧山，随后两天，随行的八万多清军纷纷南下，其中江西、安徽等地的绿营将直接经由金华开往仙霞关一线，而山东、直隶等地的绿营也将南下温台以加强浙南攻势。
而就在清军次第南下之际，入粤的郑军先后克复惠州各县，兵锋直指广州城下。还不知道自己已经被撤职查办的吴兴祚顾头不顾腚的抽调高雷廉等地的清军入卫，琼州的两师郑军乘机在雷州半岛登陆，随即席卷粤西南，与东路郑军形成了包夹的势态。