太后下嫁摄政王一事，史学界尚有争议。有的小说家试图从爱情角度解释这桩婚姻，这恐怕有点理想主义。多尔衮生活放纵，拘豪格妻其妻，又擅娶朝鲜国王族女，一女不足其欲又娶一女，这是官书明载的事情。太后下嫁，迫于时势，有什么爱情可言，恐怕是大值推敲的。何况实际上，尽管孝庄退让一而再，再而三，最后屈身下嫁，多尔衮对皇位的觊觎丝毫没消退。有一次他还对人说：“若以我为君，以今上居储位，我何以有此病症！”福临即位后，诸臣多次提出给皇帝延师典学，多尔衮都置之不理，有意让福临荒于教育，做一个傻皇帝，致使福临十四岁亲政时，不识汉字，诸臣奏章，茫然不解。多尔衮对孝庄儿子如此，所谓“爱情”云云是很难令人信服的。
“太后下嫁摄政王”问题，是清史研究中一大疑案，至今史学界尚有争议。在民间，这个说法流传甚广，但见诸文字者，是清末刊行的明朝遗臣张煌言《苍水诗集》，其中《建夷宫词》有一首影射太后下嫁，诗文是这样写的：
上寿筋为合卺尊，慈宁宫里烂盈门；
春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。
慈宁宫是皇太后的居处，春官指礼部官员。这首诗的意思是说，慈宁宫里张灯结彩喜气洋洋。昨天礼部呈进了预先拟定的礼仪格式，因为正遇上太后结婚典礼。《苍水诗集）｝一出，“太后下嫁”一事仿佛得到了证实。张煌言作诗时间大概是顺治六、七年间，当时清宫的太后有两位，一位是正宫孝端文皇后，当时年近五十，不可能嫁给三十多岁的多尔衮，另一位就是福临的母亲孝庄文皇后，她小于多尔衮两岁，因此诗中所指的太后下嫁，只能是孝庄。然而这毕竟还只是一种推测，因为诗歌吟咏，是不能作为史证的。清亡后，民国教育部清理礼部档案，发现存档的历科殿试策文中有“皇父摄政王”字样，与“皇上”同格抬写；后来清理大库红本（皇帝御批之件〕档案，发现顺治四年之后内外奏疏亦多称“皇父”，与蒋良骐《东华录》顺治五年诏封皇叔父为皇父摄政王、顺治八年追论多尔衮罪状诏中“自称皇父摄政王”、“又亲到皇宫内院”等语正相照映，加上孝庄死后不与皇太极合葬，而是独葬关内，所以许多人认为，太后下嫁一事大致可作定论。
著名清史学家孟森却不同意这一说法，认为张煌言对清廷怀有成见，其诗不能作为史实根据，帝后分葬在清代不乏其例。如真有其事，当时私人著述里应该有所反映，清末民初有大量的前清私家著述印行问世，除了张煌言的诗之外，没有什么可以印证“太后”下嫁摄政王的史料，因而下嫁云云，是“敌国”（指南明政权）之传闻而已。
但也有人认为此事发生．的可能性极大。朝鲜李朝实录中有一段文字涉及“皇父”，很可玩味：“顺治六年二月壬寅，上潮鲜国王）曰：‘清国咨文中有皇父摄政王之语，此何举措？’金自点曰：‘臣问于来使，则答曰今则去叔字，朝贺一事，与皇帝一体云。’郑太和曰：‘敕中虽无此语，似是已为太上矣！’上曰：‘然则二帝矣！’”清廷使臣答朝鲜官员金自点那句话，含糊其辞，闪闪烁烁，正可说明其中有难言之隐，朝鲜大臣郑太和已看出其中委曲，指出多尔衮已作了太上皇，那么实际上就是说多尔衮已经当了皇帝的父亲，这跟说太后下嫁摄政王是一个意思。
多尔衮死时，追谥为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪，神位附太庙（祭祖之地），这种待遇，除了皇帝本人，只有以旁支入继大统的皇帝的生父才配享用，如果作为皇叔或者辅政大臣，多尔衮是难以企及的，所以我们可以说，孝庄下嫁多尔衮是很有可能的。相信随着新史料的发现，这个历史疑案迟早会真相大白。
顺治七年（1650）十二月，多尔衮出猎，死于喀喇城，被追尊为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪。福临亲政，来到两月，即宣布多尔衮“谋篡大位”等种种罪状，削爵毁墓并撤去太庙牌位，籍没家产，多尔衮的党羽也受到清洗。在“倒多”过程中，济尔哈朗取而代之，成为一个新的权力集中点。孝庄敏锐地发现了这一苗头，防微杜渐，让福临发布上谕，宣布一切章奏悉进皇帝亲览，不必启和硕郑亲王（济尔哈朗），消除了可能产生的隐患。年少的皇帝在太后的安排下理政、读书，如饥似渴地吸收汉文化，在大胆使用汉官、整顿吏治等方面，开创了清初政治新局面。
权力斗争刚告一段落，孝庄又陷入家庭矛盾的旋流。如前所述，满蒙联姻，是清太祖努尔哈赤在位时定下的既定国策。大清帝国的建立，蒙古八旗也立下汗马之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚为股肱的力量。为了确保这种关系代代相传，也为了保持自己家族的特殊地位，福临即位不久，孝庄就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后，顺治皇帝亲政当年，就大礼成婚，正中宫之位。自古帝王婚姻，总是带有明显的政治色彩，人的喜好与感情则是次要的。而福临恰恰缺乏这种胸怀，他更多以自己的好恶来对待这种关系。皇后博尔济吉特氏聪明、漂亮，但喜欢奢侈，而且爱嫉妒。本来，作为一个贵族出身的女子，这些并不是什么大毛病，但福临却不能容忍，坚决要求废后另立。这个未成年的皇帝性格十分执拗，尽管大臣们屡次谏阻，仍然坚持己见，毫不退让。顺治十年（165）八月，孝庄见儿子实在没有回转余地，只好同意，皇后降为静妃，改居侧宫。为了消除这一举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济锦氏进宫为妃。但福临对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样不感兴趣
董鄂氏被接入宫中皇贵妃在后宫的地位仅次于皇后，不过福临对董鄂氏的感情，已到了无以复加的地步。他认为董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人选，因此准备二次废后。假如福临再度废后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满蒙关系，倾动大清帝国的立国之基，孝庄毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制。结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒，也不去问候一声。对于这一切，孝庄都忍受了。宽容理解是她的原则。这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年，幸而她有多年的政治经验和坚毅的性格，清帝国的基业才不致因后宫的倾动而发生动摇。孝庄这种苦心，福临与皇后恐怕都不理解，倒是通达人情的董鄂氏能够体谅孝庄的苦衷，她主动周旋于皇后与皇帝之间，缓和调节双方矛盾，有时起到孝庄所难以达到的作用。唯其如此，孝庄有什么事总是找董鄂氏商量，有什么话总是找这个儿媳妇说，以至于到后来，婆婆对儿媳几乎到了不能离开的地步。
顺治十四年（1657）十月，董鄂氏产下一子，四个月后不幸夭折，丧子的悲伤使她郁郁成疾，宫廷矛盾的精神重负使她原来有病的身体更加虚损赢弱。顺治十七年（1660）八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打击，精神颓落，恹恹无生趣，未出半年，患痘症而逝。
福临死前留下遗嘱，八岁的皇三子玄烨入继皇统，改元康熙。为了避兔摄政王专权的悲剧重演，皇帝有意撇开皇室亲王，安排了四位忠于皇室的满洲老臣索尼、遏必隆、苏克萨哈和鳌拜辅政。当时安徽有位叫周南的秀才千里迢迢赶到北京，请求皇太后垂帘听政，孝庄严词拒绝了，因为清建国之初曾总结历史上外戚干政导致亡国的教训，规定后妃不得临朝干政，孝庄当时虽有足够的声望与资历临朝，但此例一开，将来或许贻息后代。因此她坚持了大臣输政的体制，把朝政托付给四大臣，自己则倾力调教小孙子，培养他治国安邦的才能，以便他亲政后能担当起统御庞大帝国的重任。没有想到顺治所择非人，口是心非的鳌拜很快暴露出专横暴戾的本性，欺皇帝年幼无知，广植党羽，排斥异己，把揽朝政，俨然是摄政王再出。鳌拜出身戎伍，对于顺治朝吸收汉文化变更礼制的做法很不适应，一朝权在手，便把令来行，凡事都要循祖制、复旧章，并且公然打破顺治四年不再圈地的禁令，借旗地交换之机，扩大圈地，使大批农民流离失所。鳌拜这种倒行逆施的行为，引起朝野上下的不满，但大部分人慑于鳌拜淫威，不敢作声。辅政大臣中，索尼年老畏缩，遏必隆软弱，依附鳌拜，唯一敢于与鳌拜顶着干的苏克萨哈资历浅，一直处于受压地位。康熙（1667）六年，玄烨十四岁，按例亲政。但鳌拜不但没有收敛，反而变本加厉。苏克萨哈因为受鳌拜压制，乘皇帝亲政之机，上奏辞职。请求去守先帝陵寝，“俾如线余息，得以生全”。实际上是向皇帝抗议鳌拜的专横。鳌拜也清楚苏克萨哈的用意，他和同党一起，捏造苏哈萨克二十四条大罪，将苏拘捕入狱，要处以极刑。苏克萨哈从监狱里送出申诉，皇帝获悉，坚决不同意，鳌拜竟“攘臂帝前，强奏累日”，最后，将苏克萨哈处以绞刑，九族株连，家产没官。鳌拜的存在已成为皇帝权威的一个威胁，但鳌拜羽翼已成，处置稍有不当，可能就会激成巨变。如何解决这个问题呢？此时的孝庄对这些问题已有了相当经验。她悄悄关照性急的孙子，要他隐忍一切，同时不露痕迹地布置起来。也不知从哪一天开始，皇宫里出现了一批少年，专门练布库（满语：摔跤），说是皇帝喜欢这种布库戏。对于一个十四五岁的少年来说，这是完全可以理解的，所以谁也没有多想什么。就在大家对宫廷布库戏习以为常的时候；康熙八年（1669）五月的一天，鳌拜进宫晋见，在路两旁要着玩的小孩突然一拥而上，七手八脚把他擒住了，等到鳌拜缓过神来，纵有过人膂力，都已无济于事了。魔头落网，党羽流散，威胁皇权的鳌拜集团，就这样未动一刀一枪，连根拔除了。皇帝夺回了权力。
顺治皇帝临终时，原属意于次子福全，孝庄看中了玄烨，通过皇帝信赖的传教士汤若望说项，才改立玄烨，所以说玄烨是孝庄一手扶立的。玄烨八岁即位，十岁时生母佟佳氏亡故，照看他的是祖母孝庄太皇太后，所以祖孙二人感情十分融洽。孝庄不但关心他的起居，而且对他的言语举动，都立下规矩，严格要求，稍有逾越，则严厉批评，不稍宽纵与假贷。在她的教导下。玄烨健康成长，一个未来杰出帝王的特质和寸具，在少年时代打下了根基。鳖拜集团铲除后，孝庄放手让玄烨理政，让他在实践中得到锻炼，又一再提醒他要谨慎用人、安勿忘危、勤修武备等。对于祖母的教诲玄烨非常尊重，重大事情无不先一征求意见，然后施行。在他们的携手努力下，清王朝从动乱走向稳定，经济从萧条走向繁荣，为平定三藩、统一台湾和边疆用兵等大规模战争奠定了物质基础。清王朝在康熙朝形成第一个黄金时代，其中包含了孝庄的一份功劳和心血。
孝庄生活俭朴，不事奢华，平定三藩时，把宫廷节省下的银两捐出犒赏出征士兵。每逢荒年歉岁，她总是把宫中积蓄拿出来赈济，全力配合、支持孙子的事业。她的表率行为，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年（1682）春，皇帝出巡盛京，沿途几乎每天派人驰书问候起居，报告自己行踪，并且把自己在河里捕抓的鲢鱼、鲫鱼脂封，派人送京给老祖母尝鲜；二十二年（1683）秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轿，亲自为祖母扶辇保护。孝庄与皇帝这种亲密和谐的关系，反映了她的为人，与二百年后同样经历三朝、对中国政治产生重大影响的慈禧太后，是截然不同的。
康熙二十六年（1687）十二月，孝庄太后病危，康熙皇帝昼夜不离左右，亲奉汤药，并亲自率领王公大臣步行到天坛，祈告上苍，请求折损自己生命，增延祖母寿数。康熙在诵读祝文时涕泪交颐，说：“忆自弱龄，早失估恃，趋承祖母膝下，三十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立，同极之恩，毕生难报……若大算或穷，愿减臣龄，冀增太皇太后数年之寿。”然而自然规律是无法抗拒的，该月二十五日，孝庄走完了她的人生旅程，以七十五岁的高寿安然离开了人世。皇帝给祖母上了尊崇的谥号—一孝庄仁宣诚宪恭懿翊天启圣文皇后。根据她的遗愿，灵枢没有运往盛京与皇太极合葬，而是暂安在京东清东陵。
据史书记载，孝庄之所以没有与皇太极合葬，是因为她病危时，曾对康熙皇帝说：“太宗文皇帝梓宫安奉已久，不可为我轻动，况我心恋汝皇父及汝，不忍远去，务于孝陵近地择吉安厝，则我心无憾矣！”孝庄死后，梓官（即棺材〕仅在宫中停放十七天，尊溢旋上旋停，在整个康熙朝一直没有启用；梓宫暂安（下葬前安放某处叫“暂安”）奉殿长达三十八年之久，直到雍正三年才匆匆动工营建陵寝（昭西陵），而陵工仓促，不到一年就草草修就。
有的研究者认为，孝庄遗嘱中“不忍”云云，不过是一种托词，其实是因为下嫁多尔衮，无颜于黄泉下复见本夫；也有人认为，遗嘱本身可能是一种宫廷精心设计的伪词，为下一步丧葬处置作铺垫，这里又涉及到“太后下嫁”问题，请参照前面对于太后下嫁的介绍。