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三公九卿，首先三公。丞相、御史大夫、太尉。被扶苏强化了御史台，分拆了权柄极重的丞相，但一直以来大秦虚设的太尉之职，扶苏又当如何做出决断？
扶苏直接让监国府兼并了太尉的职能。不错，扶苏自己主抓军权。一点都不放松，便是天下名将，扶苏最重要的支持者蒙恬，扶苏也未有过多地让其参与到中枢军权的掌握之中。蒙恬是带兵的统帅，却不会成为抓全国军权的天下兵马大元帅。
扶苏监国府行使太尉职能，当然不会太过自己冲上前去。而是另外设立了一个部门，名为枢密院，又称太尉府。其中，扶苏亲领其事。反正扶苏现在还只是监国，并不是皇帝，故而，亲自兼职并不为过。
又因为这枢密院实际上只是太尉府换了个名字，所以不少人还喜欢称之为太尉府。
太尉府从一个人的职位变成一个官署，扶苏自然不会孤身奋战。而是将四大营的主官、期泽、庆倪、羊牟李左车；北疆长城军团各个主要将领王离、苏角；京师卫戍军的章邯，岭南军团的主官任嚣、赵佗一个个都拉入了枢密院。
其中，枢密院被扶苏划分为四个主要部门。参谋部门主管部队调动，作为枢密院的核心部分；后勤部门主管后勤补给，一击军资军械的制造，军法部门则负责部队纪律，对违纪违法军官军士进行惩处，也拥有宪兵部队；以及人事部门，其主管军队人员调动，管理文书档案。
至于军制，则实行战时和平时两套体制。战时设上将军，以及前后左右四将军。将军其下，各领其部，以部曲体制为基础。一部设立一校尉，一曲设立一军侯。一军侯约莫一千五百人，一部则为六千人。根据战时需要，再设置上将军所统领的兵力多寡。
实际上战时体制扶苏并未动多少，基本上和秦朝以前的并未有变化。扶苏所了解的，秦汉基本上没多大差别。至于平时体制，则有了变化。
和平时期，军队有枢密院执掌。尽管依旧有部曲体制，但军队之中领军之人最高为校尉职。各军部曲回归防区，以枢密院派员统领各部曲事物。
当然，也有枢密院管不到的军队。比如扶苏身边的亲卫四营，已经成熟战力彪悍的青龙营，以及在建依旧在训练的朱雀营。一共四营一万两千人的军队将是扶苏守卫宫城的军队，其后，还会有行在戍卫军，这些而今扶苏身在枢密院，故归属会在枢密院。一旦扶苏登基为帝，卸任枢密院的职司，那么这些禁卫系统的军队将会直属皇帝，不听命于其他人。
忙忙碌碌的扶苏在晋阳处理着改制后的事宜，改制带来频繁的人事调动以及相当程度剧烈的权力交接。这其中，恐怕比晋阳新旧体制的冲突更加剧烈，扶苏必须全力以赴，务使之不出问题。
但咸阳的事情，扶苏却不会丢下不管。特科作为此次改制中波动最轻的部门，一直都在想着雪耻。在秦陇如此经营之深的地方竟然出现叛徒，这让特科上下灰头土脸。便是伏承，一时间在各路旧友面前有些抬不起头来。
故而，特科上下都盯紧咸阳，瞅准时机打一个翻身仗，以雪耻辱！
咸阳。
阿房宫甲宫左殿。
蒲鑫背上冷汗直流，在这位位极人臣的右丞相面前，蒲鑫感到了如山般压来的压力。再者，蒲鑫为右相，和李由是新旧势力冲突的代表。可以说，是蒲鑫敌人的敌人。如果能够争取的话，是头等需要蒲鑫去争取的人物。打心底里，蒲鑫是不想和冯去疾起冲突的。
但出狱后第一次见到冯去疾，却是这么个情况，这让蒲鑫心中大感纠结。一旦被冯去疾发现蒲鑫的身份，恐怕蒲鑫在咸阳是必死无疑了。
虽说如此，但蒲鑫更知道，一旦他放冯去疾进去……
一想到冯去疾正好将胡亥和太妃抓住现行的场景，蒲鑫便汗如雨下，当下，脚下生根那是再也挪不动了。其他寺人原本都是张煌无措，故而被冯去疾从宫外一路冲进此处，却是一步都拦不住。
而今见到蒲鑫如此强项，顿时觉得有了主心骨。当下齐齐过去，一起帮助蒲鑫将冯去疾给拦在了外头。
冯去疾手持笏板，官步走得极是威严，却不想被一个小小寺人给挡在了外头。当下动了怒气，声音发冷，道：“大胆阉竖，你竟敢阻拦相邦面见殿下，阻拦国事，违碍君臣之系。难道，是宫内有了不轨，想要作乱吗？”
蒲鑫原本头就不敢太高唯恐被冯去疾认了出来，而今这么一顶大帽子扣了上来，蒲鑫哪里还敢应对。当下噗通一声，摆在地上，道：“奴婢不敢！”
嘴上认孬，却是一点都没有移动的迹象。
冯去疾手持笏板，当下就朝着蒲鑫头上砸去：“贼子，竟敢阻挠朝政，还不给我让开！”
笏板就是大臣的记事本，大臣也不是一个个脑袋如电脑一下子都能记住，故而发生了大事都需要迅速记下。若是寻常大臣的笏板便也罢了，了不起你拍一下。可冯去疾是右相，笏板可不和一般的小臣子一样随意制作就了事。那用工，用料都是精致、极品。就说这笏板，那也是上等材木制作的。十足地够分量，手持着，也是不小的重量。
这一麾下来，顿时打懵了蒲鑫。一板子下去，顿时头破血流，就要拍晕歪倒在一边。
蒲鑫原本也不觉得一笏板能如何厉害，但等承受了那才知道这不是好相与的。当下，受了以后就是一晕。接着，才感受到彻骨地疼。痛觉来了，反倒是刺激的蒲鑫惊醒了过来。一咬牙，知道此刻一旦让了那就惨了。蒲鑫也不愧是边军出身，狠得下心，舌尖一咬，剧痛袭来，一阵清醒当下直挺挺拦了下来。
众人见蒲鑫如此硬气，都是侧目，但更多的，却是一众寺人对冯去疾的畏惧。悄然地，大半四人都是齐齐跑开，退到了一边去。
蒲鑫犹自硬顶，晕乎乎地拦着。
却见此刻，冯去疾敛身行礼，神色严肃，竟然朝着蒲鑫这便大拜而下，蒲鑫骇了一跳，差点没吓得跳起来。