新伊犁大都督府成立后，广福立即致电袁大化，要其赞助“共和”，遭到拒绝。但在北京袁世凯一再催促下，知大势已去的袁大化被迫通电表示“遵旨承认国体共和”，北京政府遂电令新疆巡抚改为都督，派代表与伊犁议和。袁大化收到之后正式回电伊犁都督广福，表示“愿意和谈解决新疆问题”。
迪化、伊犁双方就和谈的具体问题展开了交涉，最后确定以塔城为谈判地点。同时，双方达成协议，确定省方谈判代表为张绍伯、杨增新、周得金以及朱瑞墀四人，而伊方为贺家栋、冯大树与李辅黄三人，其中张绍伯与贺家栋分别为双方的首席谈判代表。
当伊犁谈判代表抵达塔城，而这时南疆的革命风潮却愈演愈烈，搞的袁大化焦头烂额，于是，谈判不得已被推迟了。
金兆龙到南疆之后，立刻联络各地哥老会，准备起事。南疆起义的重心是喀什地区。喀什位于世界屋脊帕米尔高原之东，是古代丝绸之路的重镇。自古以来，这里一直是南疆政治、经济、文化、宗教、商贸、军事的中心，且与俄国属中亚三汗国、英属印度等地接壤，战略地位十分重要。因此，南疆起义能否成功，将直接关系到新疆全省能否被李想控制的成功与否。
喀什道尹袁鸿佑思想保守，反对革命。宣统退位后，袁鸿佑仍保留清朝年号、服饰仪规不变。他忠心耿耿的替袁大化筹集粮饷，镇压革命。
不过，喀什道这些部队由于防区辽阔，部队驻地分散，加之交通不便，消息传递较慢，因此部队内部还是比较稳定的。这为起义的准备工作减去了不少的麻烦。
南疆能否和平光复，控制南北疆交通要道的阿克苏道的态度至为关键。金兆龙单刀赴会，试探曾经供职阿克苏道尹的杨增新，希望能通过分析时局，以期消除和平光复新疆的一块障碍。
杨增新，汉族，云南蒙自人。年，一九零七年入疆任新疆陆军小学堂总办，兼督练公所参议官，后升任阿克苏道尹、辛亥年兼任新疆提法使。
“现在时局已是十分恶化，我们应该立即想出妥善的办法。”金兆龙开门见山地说。接着他详细地介绍了马福祥在兰州的义举。最后暗示杨增新，到万不得已时，为了新疆地方不致遭受破坏和军民避免遭殃，也只有走马福祥的道路了。
杨增新当即硬棒棒的表示：“军人以服从命令为天职，增新一切行动只会服从上官命令！”
“清政府已经瓦解，南疆也要立即研究决定怎么办的问题。”金兆龙先对杨增新谈了内地的军事形势，主要说的还是安西军在玉门关枕戈待旦，然后说道：“如今时局将作何发展，尚难预料。因此，我们必须凡事谨慎为妙。”
因为时机尚未成熟，金兆龙没有向杨增新透露他就是鄂州革命军中统局大老板的身份。
接着，金兆龙试探地问道：“你看时局将如何发展呢？”
杨增新知道金兆龙在南疆哥老会的影响力，但是不知道他是那一方的人，因此，小心地回答道：“现在外面议论较多。有人认为西北还有很多部队，新疆部队也不少，必要时还可请俄国派兵接应和购买其装备来支援，总可以固守若干时日。万一同北京断绝了联络，还可以像蒙古西藏一样，宣布独立。”
听了杨增新的这番话，金兆龙心中颇感愤怒，“汉奸”两个字差点就骂出口，但又不便否定他，所以没有明确表态，只含糊地说道：“现在各方面的困难很多，将来情况变化莫测，还是要慎重考虑。”
末了，金兆龙特别交待了一句：“我们这次谈话的内容一定要保密！”
金兆龙知道杨增新不可依靠，便背后指使同他一起从迪化流放到南疆的哥老会首领谭长谷暗中行事。
现任阿克苏道尹陈正源、温宿知县王乃发，长期克扣军饷，虚报冒领，中饱私囊，弄得军无粮饷被服、马元草料马具。而且，其为人奸诈，性情暴烈，刚愎自用，激起了官兵的强烈不满。
以此为契机，金兆龙、谭长谷通过哥老会鼓动激愤的新军造反，戕杀阿克苏道尹陈正源、温宿知县王乃发，掀开了南疆哥老会起义的序幕。
阿克苏戕官案发后，杨增新急电阿克苏镇总兵查春华求救，声称：“谭长谷戕官造反，如不军法从事，上行下效，必然酿成大祸。”
同时，谭长谷也至电阿克苏镇总兵查春华，慷慨陈词：“阿克苏道尹陈正源、温宿知县王乃发屡扣军饷中饱私囊，官兵食不果腹，衣不遮体，弱不禁风，奄奄待毙。卑职一怒就斩了他，绝无背叛军人武德之意，仅以杀贪官污吏为目的。”
阿克苏镇总兵查春华在约见谭长谷并视察其所部后，知他所言不假，作了一番抚慰，并以银元千块、纸币万元分发官兵。接着命杨增新火速离开阿克苏，以免事态扩大。
杨增新由此可知，查春华与会党的关系非同一般，而在给北京袁世凯的密信中更有说“查春华系哥老会的重要首领”，阿克苏戕官案“完全是查等所促使。”无论何种说法，但有一点可以肯定，此时阿克苏的政权已经基本上被哥老会掌握。杨增新即使不肯走，也得走了。
阿克苏戕官案发以后，南北疆交通中断，以至于迪化“协饷断绝，百物昂贵”，很快陷入了危机。而金兆龙又策动喀什哥老会另立袁鸿佑为傀儡都督，遇与袁大化分道扬镳。
此后不久，焉耆哥老会也开始举义。焉耆参将吴首怀设宴款待喀什道尹王学曾，请委员马鸿宾、张铣等作陪。席间不久，张王二人即被闯入参将衙署的会党连浚泉、何正魁、胡得才等七人用乱刀砍死。会党夺得知府印信，召集人员百余人，推连浚泉为管带。
阿克苏及焉耆两地的戕官事件，冲破了南疆反动政权对伊犁的封锁，重新打通了南疆与伊犁的联合之路，对金兆龙在新疆开展革命活动起了重要作用。
不久，库车会党首领钟冠华等戕杀知州毛英畏。
不久，轮台会党首领王海龙、萧秋舫戕杀县令李华嵩。
面对接连四起的戕官事件，袁大化闻风丧胆，惟恐性命不保。他电请北京政府要求辞职，并推荐喀什道尹袁鸿祜为新疆都督。北京袁世凯政府任命袁鸿祜为新疆都督，这就表明南疆与迪化的反动势力已经公开联合，开始共同对付革命力量。
袁鸿祜与袁大化一样，同属于顽固派，反对辛亥革命，反对民主共和。他任喀什道尹期间，曾多次“加征赋税”，支持袁大化的反动统治，早使人民怨声载道。后来又勒令官民剪发易服，但由于不顾及民族情感，操之过及，致使“众论哗然”，激起各族人民的极大愤慨。这样一个反动官僚出任新疆都督，新疆的民主革命必将面临严重威胁。
在这种情况下，为防止迪化、喀什反动势力重新合流，金兆龙又决定除掉袁鸿佑，联络喀什哥老会发动了起义。
起义时间选在袁鸿祜在赴迪化上任前夕。
当晚，袁鸿祜在家中大摆宴席。
乘此机会，喀什哥老会首领边永福、魏得喜等带领会党将袁鸿祜夫妇戕杀，同时被戕杀的还有参加赴宴的参将汤殿恒、疏勒县令张秉铎、革职吏员张舒锷等。起义胜利后，边、魏二人将参加举事的人编为新军，二人分别任左、右管带，管理当地事务。由于喀什是对外交通的要塞，故稳定局势是哥老会首领要解决的首要问题。边魏二人对此严格约束兵勇，维护社会治安，使商民人身及财产安全得到保障，在他们管理喀什期间，地方相安无事。哥老会在喀什的声望颇高，很受当地人民拥护，连杨增新也承认“中外人民生命财产，毫无损失”。
相比南疆其他地区，喀什的戕官运动是影响最大的。喀什虽地处偏远，但作为南疆重镇，“为全省富庶之区，饷源所出，关系重要”。因此，受到袁大化的重视，他把喀什作为保饷源，保新疆的一个重要基地。
袁鸿佑遇刺后，南疆基本上成了革命党人的天下，迪化也是“风声鹤唳，人心惶骇”。于是，袁大化再也坐不住了，只得向袁世凯举荐杨增新为都督。
杨增新自从被金兆龙赶出南疆后，他以镇压革命为名，招募迪化附近的回民当兵，组成回队五营，称为“新军”。然南疆戕官运动爆发后，袁大化让他带兵到南疆平乱，他百般敷衍，按兵不动，他还积极摆出拥护“共和”，力促新伊“和解”的姿态。因此，不少伊犁军民受到欺骗，都十分属意杨增新出任都督。
北京袁世凯政府发布命令，任命杨增新为新疆都督。袁大化被迫宣布辞职。载澜也携眷绕道西伯利亚，经库伦返回沈阳。杨增新凭借其精明与实力上台，受袁世凯密令，继续主持与伊犁和平谈判，同时“剿抚”南疆，镇压伊犁以外南疆各地的革命运动。
然而，袁大化去职以及主和派杨增新上台，却在军队中引发了不小的骚动。新疆陆军因为受到杨增新的排挤而极度不满，尤其是原先叛变伊犁的蔡乐善部，非常害怕和谈成功后遭到伊犁方面的报复，因此情绪激愤。于是，有人建议蔡乐善发动兵变，制造紧张空气，甚至杀掉杨增新，以破坏袁大化东归企图。
杨增新新任都督时，蔡部官兵在迪化骑马绕城，大呼开枪，制造混乱。杨增新则添募回队千人，准备镇压，战争一触即发。袁大化担心局势进一步恶化，决定从速离开迪化。于是，第二天清晨，他带领部属多人悄悄出城，离开省城，后经哈密回到关内。至此，杨增新正式接管了迪化。