在组建特战队的同时，周宪章命吴彭年、丘蓬甲组成了一个特别行动小组，秘密潜入大林甫，侦查日军部署。吴彭年、丘蓬甲都是台湾本地人，非常熟悉大林甫一带的地形和民风，大林甫的百姓又极度仇视日本人，特别行动小组在当地抵抗者的帮助下，很快就摸清了近卫师团的部署。
近卫师团的师团部设在紫连庵，这里是一个小山包，三面平原，背靠丘陵，周边地形并不复杂，但森林密布，如同迷宫一般，就是在白天，蔽日的森林中也如同黑夜一般，人畜走入其中，很容易迷路。
近卫师团的直属部队部署在紫连庵周边一公里范围内，可谓是戒备森严，不过，驻守在紫连庵的，只有一个中队的日军。
吴彭年的小分队，在当地老乡的帮助下，在森林中找到了一条隐蔽的小路。特战队行动开始之前，吴彭年率一个小分队，秘密达到路口，隐蔽起来，准备迎接特战队。
9月20日晚12时，周宪章率特战队，趁着夜色来到了路口，在吴彭年的接应下，沿小路潜入森林，避开了日军的岗哨，神不知鬼不觉地摸到了紫连庵。特战队的尖刀班割断了哨兵的喉咙，一枪未发就冲进了紫连庵。
特战队队员个个身手了得，枪法好，战术水平高，而且，周宪章吸取了七星队的战法，五人编为一组，前后左右照应，形成了四十个战斗小组，这些战斗小组形成合力，每个组的战斗力相当于日军的一个排，一旦动起手来，干净利落，进退神速，
酣睡中的日军警卫部队，完全没有想到，一支神兵从天而降，很多人在睡梦中就升了天。前后不到十分钟，驻守在紫连庵的一个中队的日军就被消灭殆尽。
特战队随即包围了紫连庵大殿，击毙了北白宫川能九亲王，放了一把火，把大殿里负隅顽抗的日军烧成了一把灰。
斩首目标完成，特战队迅速沿着森林的原路撤离。吴彭年的小分队早已在外策应，不到十分钟，特战队就撤出了战斗，急速离开大林甫，向阿里山地区转进。
原以为，进攻近卫师团的指挥部，必是一场恶战，特战队员都做好了战死的心理准备。连周宪章自己都没有想到，打得竟然如此顺利。前后不到二十分钟，击毙日军三百多人，而特战队仅仅阵亡三人，伤十二人。
但是，大林甫的百姓，却为此付出了遭到了灭顶之灾。
北白宫川能九亲王被击毙，日军没有抓到一个章军士兵，连一具尸体都没得到，章军特战队带走了阵亡的同伴。日军把怒火发泄到了大林甫手无寸铁的百姓身上，他们血洗了大林甫，两千多手无寸铁的当地居民，不分男女老幼，被日军赶到了紫连庵的废墟上，全部枪毙！大林甫所有民居被付之一炬。
这个号称嘉义首富的小镇，成了一片闪烁着磷火的瓦砾。
……
9月25日，广岛，日军战时大本营。
战时大本营原本是为清日甲午战争设置的临时机构，用以统筹对大清国战争的指挥、动员和物资调运。甲午战争结束后，作为对外战争的最高军事指挥机构，大本营本应该撤销，天皇应该返回京都皇宫。而在台湾发生的乙未战争，是一场镇压叛乱者的内战，从法理上讲，不应该由战时大本营来指挥。
但是，随着台湾战事的发展，大本营不仅没有撤销，反而更加繁忙。原因是，章军介入了乙未战争。
那是一支无法确定国籍的军队。日本人曾经把章军界定为大清国派出的入侵者，如果是按照这个界定，那么，乙未战争就应该是甲午战争的延续。日本与大清国就应该是战争的敌对国。但是大清国根本不承认有这样一支军队存在，所以，日本明明知道章军得到了大清国的支持，但却无法向大清国宣战。
可日本又不能把章军视为台湾本地的叛乱分子，很明显，章军是一支客军，他们跨海而来，不是由台湾本地人组成的，全部来自中国大陆，所以，他们应该是入侵者。
从法理上讲，台湾已经是日本的国土，章军是客军，日军是守土抗敌的主军；但是，从实际的战斗形势上看，章军却是主军，日军才是客军！
令日军感到万分尴尬的是，号称守土抗敌的日军，对台湾的熟悉程度，竟然还比不上渡海而来的章军！
台湾人拒绝与日军合作，而远道而来的章军，却得到台湾民众的广泛支持！他们反客为主了！
日军面对的是一支从未遇见过的强敌！鉴于台湾战事严峻，广岛的战时大本营难以撤销，天皇继续留在大本营内。如今，日本面临的形势，甚至比当初甲午战争爆发的时候，更加严峻！
而这一严峻形势，随着一个惊天动地的消息传来，变得愈发险恶！
北白川宫能久亲王为国尽忠！他被章军击毙在了自己的指挥部里。
日本政府向国民隐瞒了这一消息，他们宣称，北白川宫能久亲王身患疟疾，不治而亡。
但是，在大本营内部，这一消息已经悄悄传开，一连数天，大本营笼罩在一片令人窒息的气氛中——天皇陛下一连五天没有露面了！他拒绝会见群臣。就连内阁首相伊藤博文也吃了闭门羹。
北白川宫能久亲王的死，让天皇蒙羞！让政府丢脸，让整个日本，在十九世纪末弱肉强食的世界格局中，成为了一场笑柄！
刚刚在战争中获得了强国地位的日本，她的国际地位会因此而一落千丈！
内阁高官们发现，西洋列强驻日本公使的态度，发生了微妙的变化，他们的眼神中出现了一种蔑视，这种蔑视似曾相识，那是五十年前，当日本刚刚被美国的舰船大炮轰开国门的时候，那些傲慢的西洋人的眼神！
天皇拒绝露面，大臣们六神无主。
今天早上，内侍突然宣布，天皇陛下要在会议室里召见群臣，商定国策。内阁大臣、海军部、陆军部、参谋本部一大早就守候在会议室里，等待天皇的到来。
会议将在9点召开，然而，时间走到了9点30分，明治天皇任然没有出现。
会议室里，是一片令人窒息的沉寂，所有的高官们危然正坐，一言不发，神经紧绷，谁也不敢打破这让人无法喘息的沉寂。
时间走到了十点，门口终于响起了脚步声，大臣们全体起立，目光定在门口。
明治天皇身着大元帅服，缓步走进了会议室，来到他的座位上，扫视了一眼群臣，缓缓坐下。
没有得到天皇的恩准，所有的人只能挺直了身体，僵硬地站立着。
三分钟过去了，明治天皇才缓缓说道：“就算是为北白川宫能久亲王默哀吧！”
众人的脸上，都是一阵沮丧，站在原地，一动不动。
明治天皇的目光，从伊藤博文的脸上，向一个个大臣们扫视过去。所过之处，大臣们纷纷低下了头。
就在一年前，当天皇入驻大本营的时候，他也曾这样扫视过这里的每一个人，而每一个人都高高地昂着头，他们异口同声地向天皇保证，日清一战，势在必行！那将是大日本帝国崛起的一战！不出三个月，日本必将完胜大清国，那个时候，日本将成为亚洲的霸主，以世界强国的姿态，屹立于在世界的东方！
而现在，战争从朝鲜打到了辽东，从辽东打到了山东，又从山东打到了台湾，战争打了一年多，却没有丝毫结束的迹象，而日本唯一的成果台湾，也是摇摇欲坠！
国民没有从这场战争中获得任何好处，相反，随着战争的旷日持久，国民的生活水平一落千丈！刚刚兴起的全民教育体系，因为资金缺乏，而面临崩溃的危险，工业体系全部转入了战时轨道，生产效率激增，但是，却不能为百姓生产出必须的日用品，几乎所有的工厂都在加班加点制造武器！作为海洋国家，百姓们却吃不到海产品，因为，几乎所有的船只，都被政府征用，用于战争！
国民已经疲惫到了极点！战争初期，全民踊跃捐款支持战争的景象消失了，取而代之的，是充斥在大街小巷里的抱怨和流言，以及遍布贫民窟的奄奄待毙的贫民百姓！日本政府曾经向他们保证，这场战争能够使他们脱离贫困，大清国的富庶资源能够让每一个日本公民过上富足的日子！在这个美好蓝图的引诱下，百姓们毫无保留地把自己最后的积蓄交给了日本军队，他们已经是一贫如洗了，然而，一年的战争，不仅没有让他们获得财富，就连他们最后的口粮，也要被这场战争吞噬掉！
日本刚刚兴起的现代化工业基础，更加承受不起这场战争的重负，资源贫瘠的日本没有从中国大陆获取任何战争资源，相反，国内的资源却在逐渐枯萎。
明治天皇觉得自己被拖进一个黑色的漩涡中，难以自拔！而整个日本，似乎也在跟着他下沉！
三十年明治维新的成果，眼见就要被这场战争吞噬！