日军如要攻占台湾，必定先取澎湖，后取基隆。台湾东北部是日军主要的攻击目标，所以，要想守住台湾，应在基隆台北一线设置重兵。
然而，唐景崧却把刘永福的黑旗军部署在了台南。基隆台北一线，则是由唐景崧自率5000清军防守。刘永福多次提议两军合兵，固守基隆，均被唐景崧拒绝。
台湾东北部是历来是台湾的富庶之地，这里开发较早，矿业渔业发达，而南部则是荒蛮之地，山高林密，人烟稀少。唐景崧把黑旗军放在台南一带，是怕黑旗军和他抢地盘！
正是因为唐景崧的这一点私心，导致了乙未战争开战后，台湾的形势急转直下。
5月29日，比志岛混成旅团在三貂角登陆成功，日军攻陷澳底高地、端庄高地，站稳了脚跟。
6月3日，近卫师团主力到达，向基隆发起强攻，一举攻克狮球岭炮台，大军一拥而入，基隆陷落。
6月6日，近卫师团一鼓作气，发起台北战役。驻守台北的五千台湾军，面对两万装备精良的日军，士气低落，几乎未做像样的抵抗，就土崩瓦解，台北战役只进行了一天，台北陷落。
6月11日，近卫师团师团长北白川宫九能亲王率大部队进入台北。随后，日本任命的台湾总督伊东佑亨隆重入城。
台湾民主国总统唐景崧逃亡大陆，政府分崩离析，台湾民主国从成立到覆灭，只有短短的十一天。
随后，日军向台中地区大举进犯，台湾东北地区，以平原台地为主，台湾军无险可守，日军长驱直入，台湾军浴血奋战，无奈日军不论是人数还是装备，都占据绝对优势，从6月19日至8月8日，连克新竹、桃源、苗栗。民主国军主将姜绍祖战死，数千士兵阵亡，日军肃清了台湾北部，民主国军在北部的抵抗全面失败。富庶的台湾北部，落入了日本人手里。
台湾北部陷落，使得驻守台南的黑旗军陷入极为被动的局面。台南地势偏远，经济极度落后，相对富庶的北部地区，完全就是荒蛮之地。黑旗军严重缺乏支撑战争的物资粮饷，而北部日军却能够凭借台北的富庶，获取大量的战争资源，战争打到这个份上，日军已经牢牢掌控了战争主动权，甚至可以说，日军已经取得了压倒性的胜利，因为，贫瘠的台南，无论如何，也无法支撑刘永福的黑旗军。而大清国已经抛弃了台湾，刘永福不可能从大清国获得战争资源。
在这个*下，台湾总督伊东佑亨在台北大清国原“布政使衙门”的总督府举行台湾“始政式”，宣布日本正式行使对台湾的行政管辖，开启了台湾的殖民史。
在日本人看来，占领了台湾北部，就是完成了对台湾的全面占领，盘踞在台南的黑旗军，只是一群占山为王的土匪而已，下一步，日军要做的，只是地方政权的剿匪行动。按照伊东总督的设想，剿灭黑旗军，平定台南，最多只需要一个月的时间。
刘永福知道，他已经陷入了绝地。
彰化是黑旗军在台中地区的唯一据点，一旦彰化失守，黑旗军将再也没有立足之地。
被逼到绝境的刘永福，无奈之下，决定与日军在彰化决战！
黑旗军总共只有三千三百人，只有三百人的七星队装备汉阳兵工厂的新式88式步枪，其余五个营，由于招募匆忙，他们的的装备，基本上是金陵制造局制造的老式单发步枪，这种步枪，就连大清国的军队也早就淘汰不用了。整个黑旗军，连一门大炮都没有。更为糟糕的是，大部分的士兵都是刚刚招募的农民，战术素养极低。
而日军近卫师团是一支标准的现代化军队，是日本国内装备最为精良的师团。全师团2万人，全部装备最为先进的村田式连发步枪，这种连发步枪，在刚刚结束的甲午战争中，还没有完全配属到日军中，在中国战场上的日军，装备的绝大部分都是单发式步枪。除此之外，近卫师团配属有两个炮兵大队，装备野炮五十门，山炮八十门。可谓是武装到了牙齿。
投入到彰化的日军比志岛混成旅团，总兵力也有8千人，而刘永福的黑旗军兵力3千5百。
彰化战役，是一场注定飞蛾扑火的战斗！
然而，刘永福别无选择，黑旗军别无选择！
刘永福派出了几乎所有的兵力，包括黑旗军的中坚——七星队，这是一支曾经让法国人胆战心惊的部队！因为他们，法国在镇南关遭受了一场堪比滑铁卢的大败！那场大败，致使法国内阁倒台！
七星队只有三百人，都是黑旗军的老弟兄。
他们知道，彰化一战，将是黑旗军的绝唱！
然而，面对强大的日军，没有一个黑旗军的官兵退缩。不论是七星队的老兵，还是新招募的新兵！
人总是要死的！
抱着必死的信念，黑旗军倾巢出动，奔赴彰化以北的大甲溪，阻击日军。
刘永福孤身一人留在了台南，那里已经是一座空城，他在等待黑旗军全体壮烈殉国的消息，一旦消息传来，他将身着大清国的官服，面向北方自杀，追随黑旗军的老兄弟们而去。
刘永福曾经反清，可是在他人生的最后关头，他选择做大清国的忠臣！
其实，他忠于的不是大清国，而是泱泱华夏！
正因为如此，当唐景崧出逃大陆后，台湾士绅把总统大印送到他的手上，三次请求他出任台湾民主国总统，刘永福坚辞不受！在他的新心目中，没有台湾民主国，台湾是华夏的领土！
8月23日，黑旗军在前敌主将吴彭年的率领下，在大甲溪与日军展开激战。视死如归的黑旗军将士表现出了惊人的战斗力，特别是七星队的老兵们，施展出娴熟的战术动作和勇敢精神，他们五人为一伍，以背相向，前后左右策应，梯次冲杀，错落有致，日军从来没见过这样的战术，立刻乱了阵脚。
骄横的日军怎么也没想到，已经接近尾声的台湾战事，突然变得如此惨烈。强攻大甲溪的日军一个联队，竟然被黑旗军击溃，伤亡三百多人，一个运送粮草的日军粮船遭到黑旗军截击，押运粮草的一个中队两百多人全军覆没，无一生还！
溃败的日军两千多人慌不择路，误入山谷，吴彭年率军封死了山口，准备全歼这个联队。
然而，黑旗军的兵力有限，为了围歼日军，黑旗军不得不全体出动，彰化县城空虚了。
混成旅团旅团长比志岛义辉，一面命令被围日军就地抵抗，吸引黑旗军主力，一面派出一个联队和一个炮兵中队，突袭彰化城。
8月27日，日军攻陷台中，前锋抵近彰化门户八卦山。吴彭年无奈，只得撤围，全军退守八卦山。
混成旅团两个联队将八卦山围德如铁桶一般，在大炮的掩护下，步兵漫山遍野向上猛攻，黑旗军死守不退，逐山肉搏争夺，激战两天，统领吴汤兴、徐骧、吴彭年、严云龙力战阵亡。三千三百黑旗军将士，只剩下山顶上区区一百多人残兵。
黑旗军的精锐七星队已经不复存在了！他们没有死在法国人手里，却死在了日本人手里！
但是，七星黑旗依旧在猎猎西风中迎风飘扬！
夕阳西下，晚霞把八卦山染成了血红色。
彰化城里的枪声也渐渐平息下来，城里的抵抗已经被日军肃清。
全部台中地区，只剩下八卦山上这一百多残军。这意味着，只要七星黑旗倒下，日军就完成了对台中的全部占领！
至于南台地区，那里只有刘永福一个人，象征性地代表着黑旗军的存在。
八卦山战斗结束后，实际上，台湾已经不存在有组织的抵抗力量。
台北城，总督府，伊东佑亨正在大宴宾客，他在等待比志岛义辉的消息，一旦八卦山上的七星黑旗倒下，他就要向与会者宣布，日本完成了对台湾的完全占领！
八卦山下，一个联队两千人的日军正在集结。准备向八卦山发起最后的一击。
按照比志岛义辉的命令，这个联队全部盛装出战，每个士兵的军服笔挺，一尘不染，枪管黝黑，刺刀雪亮。因为，比志岛义辉认为，这不是一场战斗，而是一场仪式，山上的敌军已经弹尽粮绝，日军只需迈着整齐的步伐，列队走上山顶，战斗就结束了。
这场仪式，比志岛义辉不仅要把这场仪式献给台湾总督伊东佑亨，也是献给山上的黑旗军残部。半个小时前，比志岛义辉派出信使，劝说吴彭年放下武器，遭到了吴彭年的拒绝。
七星黑旗下，吴彭年倔强地站直了身体，望着山下的盛装的日军，发出阵阵冷笑。
一百多黑旗军士兵自发地围在了他的身边，绝大多数人都是身负重伤，他们的枪里面早已没了子弹，刺刀折断，有些人的步枪甚至断成了两截。
日军被山上的敌军惊呆了，他们停止了炮击。激战了一天的八卦山，出现了令人窒息的沉寂！