就在菲律宾总督上蹿下跳的布置马尼拉防务的时候，在独眼龙率领下的大中朝海军远征舰队，这时候已经在历经十几天的艰苦航行之后，接近了马尼拉。
虽然这时候已经进入到了秋季，海上的台风数量已经明显减少，但是舰队却还是在途中遭遇到了一场大风，幸好船上的水手们经验丰富，而且船只结构坚固，虽然造成了一些船只损坏，但是损失并不严重，在穿过了风团之后，散开的船队缓缓重新集结了起来，最终只损失了一条轻型炮舰，其余的船只只是遭受到了轻微损伤,这样的损失对于这个时代来说，已经算是相当不错了，这也算是拜大中朝所建的战船足够坚固所赐，要不是大中朝以远超过普通商船的建造标准来建造战船的话，像在海上遭遇如此强风的话，这样一支船队损失远不止如此。
还有一点就是船上的军官以及水手们各个都算是精英，所有军官全部接受过系统化的教育，起码都随船经历过多次远航，至于水手们则都是优中选优，算是久经战阵的老海狼了，就算是船上那些随船的见习军官们，也都经过水师学堂的专门培养，所以船上的人们上下齐心，也是确保船只安全的一个重要因素！
各船上都随船携带的有工匠，而且其中一条船在出发之前，被改装成为了维修船，船上装上了几座铁炉，还携带了大量的工匠，这些随军工匠在航渡途中，竭尽全力对受损船只进行抢修。
当他们船队抵达马尼拉的时候，船队各船已经得以基本修复，恢复了可以正常作战的能力，只是随船出征的那些陆军士兵，遭了大罪，在经历风暴洗礼的时候，绝大部分人晕船晕的厉害，上吐下泻苦不堪言，到了这个时候，还没有能恢复体力，大多数人身体处于比较虚弱的状态，很明显登陆暂时指望不上他们了。
但是独眼龙还是毅然决然的下决心发动进攻，在十月间的一天，独眼龙率领舰队抵达了马尼拉湾的口部，在这里终于遇上了获知消息出来迎战的西班牙驻菲律宾舰队。
说是驻菲律宾舰队，其实这里的西班牙战船，大多数都是武装商船，如果在二十年前的话，面对着明朝的水师船队，他们可以说都是属于巨无霸一级的战船，火力极其旺盛，但是现在当面对着全新的大中朝海军舰队的时候，这些西班牙的武装商船，却已经都变成了小不点，火力羸弱到了极点。
当双方舰队遭遇之后，独眼龙亲自指挥着旗舰，率领着炮舰编队，如同饿虎一般的猛扑向了这些西班牙舰队。
本身这里的西班牙舰队数量就很可怜，只有区区十几条大小不一的战船，而且船上多是一些雇佣的水手，属于商船水手，完全没有为了西班牙国王效死命的决心和斗志，加之他们实力完全处于劣势，对上了独眼龙的舰队之后，根本就没有他们冒泡的机会。
大中舰队完全占据着绝对的优势，而且在独眼龙的率领下以狮子搏兔亦用全力的气势，对西班牙舰队发动了猛攻。
一场海战下来，十几条西班牙战船和武装商船，当场战沉三分之一左右，另外剩下的大半残存船只，也被打的是千疮百孔，伤痕累累，船长只得下令挂白旗宣布投降，被大中舰队俘获。
接着独眼龙率领舰队立即攻占了马尼拉湾口部的那座岛屿，后世这座岛屿被称作科雷希多岛，乃是马尼拉湾的门户之地，而科雷希多岛左手就是巴丹半岛，右手则是甲米地，正好扼守在了马尼拉湾的口部，可以说是历来兵家必争之地。
在科雷希多岛上面，西班牙人建有灯塔，并且派驻了少量的守军驻防，但是面对着庞大的大中舰队，岛上守军根本连炮都不敢放，就宣布了投降。
独眼龙控制了科雷希多岛之后，进而率军攻打右手的甲米地，并且迅速的将滩头西班牙守军扫清，令运兵船队靠岸卸载。
运兵船上的陆军这才得以踏上了坚实的土地，上岸之后几乎个个都手软脚软，有点晕的感觉，脚下老半天都找不到根。
幸好有海军战船在附近为他们看着，要是没有海军舰队保护他们的话，这会儿就算是来个一两千土著黑皮猴子，突袭一下登岸的陆军，估摸着也能把他们给生擒活捉了去。
独眼龙令随军出征的陆军各营在岸上就地休息临时设防，构筑简易防御工事，并且进行两天时间的休整，然后再投入接下来的战斗。
而他本人一刻不停，便率领大部分战船，直扑向了马尼拉湾的马尼拉城。
马尼拉总督没想到大中朝这一次居然派来了如此强大的舰队，当场就被吓尿了裤子，慌忙组织所有能战的人员进入到工事，登上城堡，发放火绳枪，把弹药取出弹药库，运至炮位上，开始备战。
独眼龙也不跟这里的西班牙总督谈判什么的，直接就开打，带着船队分配目标，然后开始炮击。
岸上西班牙人的炮台火力也很凶，炮战之初大中舰队并没有占到多少便宜，舰船多次被各个炮台的西班牙人的大炮击中，给船上的水手造成了相当的杀伤。
但是独眼龙丝毫不为所动，按照他的说法打仗不死人，那就不是打仗，死几个人算什么，死了的人回去都是烈士，可以得到厚抚，怕他个鸟，继续抵近射击。
各船的水手咬牙坚持，不断把船只抵近岸边的炮台，直接用船上的重炮对炮台和城堡进行猛烈炮击。
毕竟炮台火炮数量有限，相对位置固定，虽然射击比较精确，但是却也架不住群殴呀！而且大中舰队很多船的船首，都装载了现在他们最强的四十八磅重心卡隆炮，这家伙可是大杀器，一颗实心弹就足足有四十斤重，就算是砸，也够西班牙人喝一壶的。
在大中舰队集火射击之下，西班牙人在岸边建立的炮台开始一座接着一座的被摧毁，有些炮台被轰塌的时候，甚至把炮台内的西班牙守军干脆全部活埋一个也没逃出来。
这样的炮击整整持续了一整天，虽然大中舰队弹药消耗很严重，但是却也去的了相当好的战果，几乎把马尼拉港的西班牙炮台全部摧毁，就算是没有被彻底摧毁的炮台，也基本上已经失去了多大的战斗力。
第二天一早，独眼龙命令各船从补给船上补充了弹药，再一次驶入马尼拉港，开始集中火力炮击马尼拉城。
西班牙守军拼死抵抗，但是在如此密集的炮火之下，他们的损失惨重，城堡上面的炮位纷纷被摧毁，守军也被打死打伤不少。
连续两天的舰队岸轰，把整个西拔牙人在马尼拉的防御体系给轰的一塌糊涂，基本上已经丧失了完善的守御能力。
第三天在甲米地登陆休整的陆军已经恢复了过来，将士们解除了晕船的感觉之后，也随即开始投入了作战，他们从陆地和水上分头在马尼拉城周围包围了马尼拉城。
直到这个时候，西班牙人才知道大中军陆军的厉害，独眼龙还从舰队之中，抽调出了五千水兵，手持短版狼牙二式步-枪，协助陆军一起攻打马尼拉城。
马尼拉城中西班牙守军原本打算倾尽全力，据城死守，但是却没料到大中军的步-枪居然能打的这么远，这么准，大中军也不在太远的地方列队，干脆直接抵近到马尼拉城的百米左右的距离，构筑简单胸墙，然后在胸墙后面，开始对马尼拉城西班牙守军发动了集火射击。
军中的一等射手以上的神枪手和狙击手全部列队于胸墙后面，其余的步兵则专司负责给他们装填弹药，只是短暂的一通猛烈开火，守城的西班牙步兵们便被打了个人仰马翻。
而且悲催的是他们手中的那些火绳枪，却完全够不着城下的大中军，只有被动挨揍的份，他们好不容易复活一些火力点，把大炮重新架上，但是马上便会遭到大中舰队的猛烈火力覆盖。
激战两日之后，城中西班牙守军几乎彻底丧失了抵抗能力，菲律宾总督眼瞅着坚持不下去，于是只得派人找独眼龙谈判。
独眼龙下令他们立即无条件投降，否则的话攻入城中，将屠杀掉所有城内的西班牙人以及抵抗过大中军的所有人。
西班牙殖民者实在是没有办法，只得宣布投降，打开了马尼拉城的城门宣布投降，然后被大中军全部抓起来，其中军官和总督被送回到大中朝，入京献捷，随后独眼龙指挥兵马，在菲律宾各地开始清除西班牙人残存的据点和势力，并且率领船队四处出击，把西班牙人在周边岛屿上的一些城堡据点也纷纷摧毁或者攻克。
对菲律宾的整个战事，整整持续了三个多月的时间，一直持续到了大中朝承天四年初的时候，才算是彻底结束，西班牙人在菲律宾建立起来的所有殖民点全部都被大中军攻占，俘获纯种西班牙人两千余人，另外还有西班牙人雇佣的欧洲和亚洲甚至还有印度的雇佣兵水手七百多人、
至于那些本地土著黑皮猴子们，就更是被俘了五千多人，当然被大中军干掉的那几千人不能算在其中。
随后大中皇帝于孝天，宣布彻底收复吕宋，并且把菲律宾全境宣布改称为吕宋省，并入大中朝疆域之中，派驻官员前往马尼拉城，将马尼拉城也改名为南吕城，今后负责对整个吕宋省进行管理，派驻六千大中军和一支拥有二十艘战船的吕宋分舰队驻守马尼拉以及吕宋岛各地。
至此西班牙人在菲律宾的殖民历史也彻底告终，被赶出了吕宋岛。