朱显波带领大明军队胜登陆，包围了赤嵌城荷军，并割断了赤嵌城与台湾城之间的联系。当时，坐镇赤嵌城的荷军司令官描难实统帅下兵力约400人，龟缩在台湾城中的荷兰侵略军长官揆一属下兵力约有1100人，战舰和小船各两只。荷军兵力虽弱，但气焰嚣张侵略者狂妄叫嚣“二十五个中国人合在一起还比不上一个荷兰兵”，“只要放一阵排枪，打中其中几个人，他们便会吓得四散逃跑，全部瓦解”。
荷兰人没错，他们对自己的洋枪有信心，但是他们不知道朱显波也有那玩意，而且有很多，射程也不差，因此荷兰人的失败似乎一开始就注定了。朱显波听到当地老百姓传出的荷兰人吹牛时，得意的笑了，情报啊，荷兰人还是输在情报上。
揆一妄图凭借其船坚炮利和城堡坚固，分三路向明军实施反扑：一路分战舰向停泊在台江的中国船只进攻，一路由贝德尔上尉（又名拔鬼子）率兵2400人抵抗从北线尾登陆的明军，一路由阿尔多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。我军从禾寮港登陆扎营后，即遭到赤嵌城荷军的炮击。
同时，荷军又放火焚烧马厩、粟仓。于是派伤不起等率军前往看守堵御。接着，调整了部署：命令穆友前、龙康仔率领统船控制鹿耳门海口，以便接应第二梯队登陆；令宣教前镇陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城荷军于腹背受敌的境地，另派兵一部监视台江江面，切断赤嵌城与台湾城的联系，为从海、陆两面打败荷兰侵略军的反扑作好了准备。
三月初三，在北路发生了北线尾陆战。北线尾是一个不到一平方公里的沙洲，南端与台湾城相对，北端临鹿耳门航道。荷军贝德尔上尉趁我军刚刚登陆，率领2400名士兵，乘船沿台江岸边急驶北线尾，上岸后即分两路向明军反扑。贝德尔指挥荷军以12人为一排，疏开战斗队形放排枪，逼近明军。
朱显波亲率大部兵力从正面迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后，夹击荷军。贝德尔发现自己腹背受敌，手足无措。他所指挥的荷军士兵的勇气，这时则完全为恐惧所代替，许多人甚至还没有开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃。明军乘胜猛攻，将荷军“一鼓而歼”，“夷将拔鬼子战死阵中，余夷被杀殆尽”。
南路增援赤嵌城的荷军，也被明军战败。这支2000人组成的援军由阿尔多普上尉率领，乘船沿台江南岸驶往赤嵌城，企图为描难实叮解围。我军发现后，立即出动火枪队军还击。2000名荷军士兵只有600名爬上岸，当即被火枪军消灭。阿尔多普率残部逃回台湾城。
阿尔多普出援失败，赤嵌城守敌越发着急。描难实叮派人前往台湾城，要求揆一再派千余人救援赤嵌城。评议会研究，台湾城的处境危险，兵力不足，“如果再派出一支援军，则用以保卫热兰遮城堡及其周围地区的全部后备军将不足5000名。而这支队伍又是战斗力最弱、最缺乏作战经验的士兵所组成的，所以决定拒绝普罗文查要塞司令的请求”。荷兰海军以仅有的两艘战舰和两艘小艇阻击明军。荷军战舰船体很大，设备先进。看来是看家的东西了，朱显波也不敢怠慢，主要是不想放跑荷兰人。
明军以20艘战舰船包围荷兰战舰，朱显波将三百特种部队也分派到各战船上。荷舰“赫克托”号首先开炮，其他战舰也跟着开火，明军军水师个个奋勇争先。经过激烈战斗，“赫克托”号被击沉。其他战舰企图逃跑，又被明军舰船紧紧包围。
明军用六战舰尾追“格拉弗兰”号和“白鹭”号，展开接舷战、肉搏战。英勇的明军特种士兵冒着敌人的炮火爬上“格拉弗兰”号，砍断船靠，又用铁链扣住敌舰船头斜桅，放火焚烧。“格拉弗兰”号和“白鹭”号受重创挣脱逃跑，通信船“伯玛丽亚”号战败后逃往巴达维亚。
荷兰海、陆作战均告失败，赤嵌城和台湾城已成为两座孤立的城堡，相互间的联系完全割断。荷方承认，当时赤嵌城守军“力量单薄，处境危急”，热兰遮城堡也由于地势关系，难以坚守，热兰遮市区更是完全处于敌军的包围和控制之下。
朱显波随即加紧对赤嵌城的包围。该城周围45丈，高3丈6尺，城墙上有4座炮楼。四月三日，个军的士兵在赤嵌城外抓到了描接着，又派部将杨朝栋和翻译吴迈、李仲前往劝降，表示绝对不会加害他们，并允许荷兰人带走自己的财产。四月四日，赤嵌城的水源被台湾人民切断。描难实叮见援兵无望，孤城难守，不得不挂白旗投降。这样，我们在登陆后第四天，就收复了赤嵌城。
描难实叮投降后，伤不起奉命前往台湾城劝揆一无条件投降，遭到揆一拒绝。朱显波与诸将分析形势，认为不给侵略者以迎头痛击，敌人是不肯投降的，于是命令军队从鲲南端登陆。
“各位将士要做好打持久战的准备，同时要敢于打歼灭战，绝对不能放过一艘荷兰船，一个人荷兰人。大家都按计划去部署吧。”朱显波吩咐完明军，又借贷了台湾当地居民代表，一方是给予感谢和鼓励，另一方面当时希望给予更多的支持。而台湾人所表现出的热情也令朱显波感动。是啊，毕竟皇上御驾亲征为的就是驱逐荷兰人，没理由不支持啊。
于是朱显波的大军从四面围困海上堡垒，就等荷军献城投降。
台湾城是荷兰殖民者在台湾的统治中心，城堡坚固，防御设施完整。城周长200多丈，高3丈多，分3层，下层深入地下1丈多，“城垣用糖水调灰垒砖，坚于石”。城四隅向外突出，置炮数十尊。荷军炮火密集，射程远，封锁了周围每条通道。城内荷军尚有870人，凭借城堡继续顽抗。
但是赤嵌城被郑军占领之后，台湾城已是一座孤城，城内缺粮、缺水，荷军处境十分困难；加之当时南信风季节刚刚开始，要等待6个月进入北信风季节后，才能将台湾的有关情况告知巴达维亚，然后再等6个月才能利用下一次南信风季节取得巴达维亚的援助，防守更加困难。何况大明的船队以及海盗船队都已经能巡航东南亚了，荷兰人的求救信送不送得出还是个问题。
明军迫降赤嵌城后，为了牵制台湾城荷军，即派兵前往七鲲设伏。荷军行至七鲲）时，还没来得及列阵对垒，即被明军埋伏的特种兵冲垮，死伤过半，其余士卒狼狈退回台湾城。立即命令士兵立栅栏、设炮台，加强对七鲲的防守。
自四月初以来，双方一直进行着零星战斗。不是朱显波不想打狠仗，主要还是要保存有限的大明水师力量，万一荷兰人千里驰援。这仗还不知道打到什么时候呢。于是明军一方面积极准备攻城，一方面于四月十二日和二十二日，两次写信给揆一，令其投降。又集中舰船大炮，于二十四日凌晨摧毁了台湾城大部分胸墙。荷军于城上集中枪炮还击，并出城抢夺明军大炮，被明军火枪手击退。
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