天威七百票李秀成在与上海的洋人达成“中立”协定之后，就率军直下湖杭。韦志俊带领水营，从水路突入太湖，反卷湖州。
浙江巡抚何桂清正在湖州巡视防匪事宜，见韦志俊势大，便龟缩城内坚守不出，7月9日，韦志俊率部发起总攻，眼看破城，可就在这当口，江西的白能带领“二程营”赶到，与韦志俊一场大战。随后，杨载福带领福字营的长龙船赶来，用新购的洋炮轰击韦志俊的水军。
韦志俊腹背受敌，退守白龙山麓。铺陈营盘，打造攻城器械。
何桂清由此断定太平军要强攻湖州，于是将自己的抚标在内的浙江清军主力统统调往湖州。可就在7月11日，李秀成率领殿右部主力，出现在杭州武林门下。
杭州将军多明保机自守钱塘门，让副都统瑞昌守武林门。
李秀成的先锋陆顺德带领一个点检抢攻武林门。瑞昌在城头上枪炮齐发，陆顺德进攻受挫。
次日，陈廷香、李尚扬各带一个点检，分别登上棋盘山和万松岭，向城内施放火箭。7月13日夜间，太平军万箭齐发，火箭如同星辰一般落下。
但杭州清军经历过鸦片战争，也知道洋枪洋炮的厉害，故而并不慌乱。多明保机令团练救火，令清军在街头设岗，凡趁火作乱者立斩。次日天亮，多明保机以按户抽丁之法强征居民守城。
李秀成又起掘地之法，7月18日，清波门外一声巨响，坍塌城墙三十丈，守城的绿营和团练立时崩溃。
练业坤带领太平军直扑满城，八旗兵在涌金门顽抗。多明保机横刀大呼：“我等举家居杭二百年矣，城破，祖宗坟冢必成齑粉，况家人乎？”八旗兵拼死拒战，杭州自鸦片战争后以“防夷”的名义存留了大量洋枪洋炮，这时都被八旗兵取来防守满城。一时间，满城急切不可下。
太平军遂全力扫荡汉城，布政使、粮道以下百官俱被捕拿。一时间，太平军声势大振。附近的莲蓬党，漕帮，小刀会等江湖帮派纷纷起事响应。
但一直在赣东驻屯的忠义救国联军江忠源部，这时已经从饶州出发，援助浙江。而又有传言，说曾国藩率五省联军全师而来。
李秀成一面遣使直报江宁，称江西空虚，请攻略长江的计划尽快发动，一面评估形势，自认军力不如曾国藩，便卷了杭州的钱粮，直取嘉兴。
而韦志俊则作为一支偏师，收编了部分会党的力量之后，一万余人南下衢州，伪作切断白能后路。白能果然惊恐，匆忙从皖境退回江西。但江忠源率军进驻衢州。韦志俊绕城一日，做武装示威。他的兵力还多过江忠源，江忠源不敢出城迎战。
次日，韦志俊大军突然消失，攻破龙游县城，随后放弃，直取金华。金华具有重要战略位置，它“上通蔺、处，下接绍兴之诸、嵘，西与严州紧连，其东阳隔台州之仙居，不过数岭……实东浙之腹心。韦志俊决定攻占金华，作为经营浙中、浙东的基地。
金华是浙江腹心，清兵不敢不救。这时浙江清军，以江南提督黎伯玉的实力最为雄厚。这黎伯玉本是温台总兵，1841年东南清军全面覆败之时，这黎伯玉以口水穿甲板之功，“大破英夷温州水师”，（见《1841江宁辛丑条约》），得到道光帝的褒奖。太平军攻取江宁时江南提督福珠洪阿战死，黎伯玉就接任江南提督的职位，但仍带领他的温台本镇。
金华危急，闽浙总督便令黎伯玉带领兵马，前来救援。黎伯玉麾下，号称有提标四千人（实额一千八百人），温台镇三千人（实额八百人），以及鸦片战争后重建的东南三镇共三千人（实额两千出头）。
这样，黎伯玉带领不满五千兵卒，号称一万大军，来救金华。黎伯玉是水师，自然是不上岸的，他驾着炮船和兵船，驶入严州江面，驻泊龙游，兰溪。随后，他向闽浙总督和浙江巡抚发去捷报，称“所购洋炮威力无边，炮击龙游一刻，发匪大溃，官兵乘势掩杀，击斩匪逆五千余人。唯匪逆人多势众，还请督抚调派援兵。”
韦志俊放弃龙游之后，带领水营从江山湖口出发，进占遂昌、松阳等地，从南面包围金华。金华府城凭恃横跨要江的通济大桥沟通南北，自明清以来，通济桥就成为金华府的城防要隘。8月6日，清金华知府向衢州的江忠源和兰溪的黎伯玉求救。江忠源自称要“谨守江西门户”，而黎伯玉则称自己是水师，不可陆战，需等福建陆路提督熊石头的援兵到来。
福建提督熊石头本是福宁镇参将，鸦片战争中福建提督余步云畏战处斩，总兵等俱战死，全省无大将，熊石头便开始署理提督，数年过去，已经扶正。此次总督让他增援金华，熊石头却道：“鸦片之役，我大清输在水师，此后福建诸镇，唯重水师，俱买船置炮。援浙急需陆师，枪炮未齐，不可轻动。”他带的援军，到了闽浙边境，便不走了。
8月7日，韦志俊带领水营在通济桥南登陆，铳箭齐发。守桥清军顿做鸟兽散。
金华知府本待自杀，师爷提醒说：“三路援军坐视不救，东翁岂可代人受过。”知府大喜，将家小送走，随后轻装简从，赴京告御状去了。韦志俊轻取空城。
随着李秀成的殿右部在浙江的转战，整个闽浙已经沸腾起来，现在，跟随李秀成攻打嘉兴的会党有三万余人，而韦志俊麾下也有一万五千余人。
金华既克，浙江全境便成通途，李秀成已经攻取嘉兴，但麾下人口太多，粮草不足，便遣练业坤和小将黄呈忠带领一万五千会党，前来与韦志俊会和。
黎伯玉在兰溪优哉游哉，派出兵士四下劫掠，不亦乐乎，兰溪当地名团各自谨守城寨，不放黎伯玉所部进村。还打死了十几个劫掠的清兵。
黎伯玉大怒，纵兵虐民，“欲报民团之仇，纵部曲掳民财，下令肆杀，老弱妇女无一得免者，又纵火大焚其屋，七十里皆灰烬。上游士民避居兰溪者，无不被杀夺。”虽然御史在表章中弹劾黎伯玉，但军机处现在在四川、东北、江南、河南四处开战，根本没有精力来管这等“小事”。林则徐中堂回文，也只有劝诫双方“同舟共济”。
但在林大人的回文到达之前，兰溪士民对黎伯玉忍无可忍，遂联络韦志俊，内外夹攻，8月20日，黎伯玉在兰溪的大营突然火起，练业坤等乘势掩杀。清军大溃，黎伯玉退守严州，惶惶不可终日，不敢留在岸上，只在炮船上过夜。
韦志俊练业坤横扫金华，逼近绍兴，8月底，李秀成从嘉兴南下，直下龙游，与韦志俊会师。决定联手行动，李秀成率军进围衢州，韦志俊则进取严州，从南北两面突破，歼灭浙西清军主力，开拓衢、严、金三府基地。
而这时，黎伯玉也在衢州拜会江忠源。