1915年12月26日，蔡锷、唐继尧、任可澄、李烈钧、熊克武、戴戡、罗佩金等39位起义骨干聚集在蔡锷下榻的昆明八省会馆，商讨反袁起义的具体事宜。云南都督府和护国军第一军总司令部在这次会议后宣告成立。在震惊全国的护国运动中，有关唐继尧、蔡锷在这场运动中的地位、功劳等问题，各路专家学者的争论一直都没能停止。
唐蔡两人一留守一出征
护国军政权如何组织？蔡锷、唐继尧各担任什么角色？孙代兴在《护国运动史》中描述，在起义前的军事会议上，蔡锷和唐继尧都表示谦让。唐继尧表示：“我愿意带兵出征，‘老前辈’蔡公你远道而来，十分辛苦。你就在云南留守吧。”蔡锷则说：“为了国家民族的利益，我愿意效命疆场！”双方都言辞诚恳，最后，大伙商定：蔡锷统兵征川，唐继尧留守云南。并定名：出征者为总司令，留守者为都督，都督和总司令地位平等。涉及公事，两人必须互相征求意见。关于停战、议和等事宜，两人必须达成一致才能做决定。
起义前的军事会议还确定，云南先行编制护国第一军（当时还没提到在云南编组第二军和第三军），蔡锷任总司令，统率全部滇军主力出征。1915年12月26日，护国军第一军总司令部在昆明八省会馆正式成立。
曾有人提议设“临时元帅府”
关于留守后方的军事组织问题，在宣布起义前的军事会议上也有过争议。戴戡提议，设立临时元帅府，推举临时元帅，作为临时总统。同时召集各省议会，作为临时国会之雏型，建立“临时政府”的基础，与北京的袁世凯政府对抗。提议遭到了不少人的反对，认为设元帅府不利于促使其他各省响应起义。于是，黄毓成、李烈钧、方声涛、赵又新等人提出，应照中华民国成立时的体制和名称，设立中华民国云南都督府，其首脑仍称“都督”，以为一省之统治机关。这个提议获得了多数人的支持和与会者的通过。这样，袁世凯政府的“云南将军”和“巡按使”名称宣布撤消，云南都督府成立。关于护国军政府的名称，在当时的文电中并不是完全统一的。综合各种记载，专家认为称“中华民国云南都督府”较妥。
云南都督府成立后，制定了《云南都督府组织条例》。都督唐继尧任命戴戡、任可澄（原巡按使）为左、右参赞；赵藩、袁嘉谷、张耀曾为参议；由云龙任秘书厅长，张子贞任参谋厅长，陈廷策任政务厅长，籍忠寅任财政厅长（籍辞职后，由陈钧继任）。其后，又增设司法厅，任丁兆冠为司法厅长。并分别拟定了各厅的《办事
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唐继尧在早年曾加入同盟会，参与了云南辛亥起义和护国首义，对资产阶级革命立下了功勋。但是护国战争以后，唐继尧野心膨胀，堕落为封建军阀。他利用护国的威名，以云南为基地，开始了扩张地盘，对人民实行军事统治的军阀生涯。
当护国战争刚刚结束，军事行动事实上已经停止的时候，唐继尧将护国3军扩大为8个军。以“北伐”为名，向四川扩张，企图盘踞云贵，控制四川，问鼎中原。1917年，孙中山为了反对北洋军阀段祺瑞的统治，掀起了“护法”运动，在广州成立护法军军政府。这时，滇系唐继尧与桂系陆荣廷相呼应，表面上参加护法，暗地里进行扩张，对孙中山的护法军政府不仅不支持，反而明目张胆地拆台和*，使孙中山非常失望，被迫辞去军政府大元帅，通电斥责滇、桂系军阀“态度犹属暖昧，似尚置根本大.法于不顾”；“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。”
此后，唐继尧在云南倒行逆施，称王称霸，对外连年进行战争，不断扩充军队，给云南人民带来严重的灾难。对于唐继尧的军阀统治，云南人民十分不满。1917年唐继尧准备出师四川时，云南各界联名上书，反对唐继尧出师。1919年五四运动期间，云南人民掀起反帝反封建斗争，也给云南军阀统治以沉重打击。云南学生界喊出了“打倒列强及军阀!”“废除不平等条约!”等口号。
1921年初，入川滇军第一军军长顾品珍不满唐继尧的对外扩张，率滇军返川，进逼昆明，唐继尧被迫流落香港。1922年3月，唐继尧与滇南土匪吴学显等部相勾结，杀害顾品珍，实现“二次回滇”，重掌云南大权。但毕竟时过境迁，威风大逊于当年，因此也主张什么“废督裁兵”、“联省自治”，但同时又继续向四川、贵州扩张，却未能得逞。
1926年下半年，从广州出发的北伐军节节胜利，唐继尧惶惶不安，进一步加紧了与直系军阀吴佩孚、孙传芳的勾结，在云南高唱“反.共”、“讨赤”的调子。
1926年11月，中共云南地下党组织——中共云南特别支部成立。为了配合北伐战争的进行，中共云南特别支部组织了以李鑫为首的云南政治.斗争委员会，专门策划倒唐工作。云南政治.斗争委员会的成员几乎全是中共云南党内负责各团体、各方面工作的人员，他们推动各社会团体、广大群众结成反军阀斗争的统一战线，并与掌握实权的军人胡若愚、龙云等人加强了联系。1927年1月，云南政治.斗争委员会为了发动群众，印发了唐继尧祸滇十大罪状的材料进行宣传。
云南人民反唐斗争高涨，眼看唐继尧统治即将崩溃，昆明镇守使龙云、蒙自镇守使胡若愚、昭通镇守使张汝骥、大理镇守使李选廷等四镇守使不得不联合起来。要求唐继尧改革政治。他们向唐继尧提出要求，改组省政府，靠拢国民党中央，还政于民等。但唐继尧未曾理会。1927年2月2日是农历新年，部队官兵要求唐继尧发清历年所欠军饷。可是唐继尧不仅未能发给官兵的欠饷，新年来到也只发半个月的伙食费，军中大为不满，互相鼓噪。四镇守使利用风潮，趁机调兵进逼昆明。
2月5日晚、6日晨，四镇守使联名举行“兵谏”，发出通电，要求惩办贪污，摒除“小人”。电报要求唐继尧“远亲贤，公开政治，安内睦外，易辙改弦”。事变当日，龙云派兵把守昆明各城门、要地，并逮捕了唐继尧手下的20多名民愤大的官员。这就是推翻唐继尧统治云南14年之久的“二六”政变。
政变发生时，唐继尧企图进行镇压，但内部已经分化。当龙云的野战部队进入昆明近郊安宁，胡若愚的军队到达宜良，张汝骥的军队进到杨林，李选廷的军队到达禄丰时，对昆明的包围即已完成，唐继尧见大势已去，被迫交出政权。
2月22日，四镇守使等在宜良法明寺举行会议，决定采用合议制，组织省务委员会，通过了省务委员会组织大纲，“拥戴”唐继尧为有名无实的省务委员会“总裁”。3月15日，省务委员会在昆明成立，以胡若愚、龙云、张汝骥、李选廷等9人为省务委员会委员，并推胡若愚为省务委员会主席。
唐继尧并不甘心，曾几次企图潜逃或反击，都未能成功，遂一病不起，延到1927年5月23日去世。